تتمثل الخطوة الأولى في تحديد مجموعات أصحاب المصلحة التي ينبغي أخذها في الاعتبار عند معالجة مسألة الإدارة العابرة للحدود، بما في ذلك على سبيل المثال لا الحصر موظفي المناطق المحمية أنفسهم. تم تحديد ست مجموعات من أصحاب المصلحة: الحفاظ على الطبيعة والزراعة والغابات والسياحة والبحوث والمجتمعات المحلية والبلديات. ثم يحدد الفريق الأساسي بعد ذلك ما يصل إلى 8 ممثلين لأصحاب المصلحة لإشراكهم في عملية تحليل القرار. ثم تحدد كل هيئة من هيئات المتنزهات المشاركة بشكل مستقل 2-5 اهتمامات و/أو رغبات من منظور كل مجموعة من أصحاب المصلحة. بعد ذلك، يقوم كل فريق أساسي بتحويل الرغبات والاهتمامات إلى بيانات بالأهداف، ثم يتم تمييز الأهداف النهائية عن الأهداف الوسيطة التي هي مجرد وسائل لتحقيق الأهداف النهائية. وبعد ذلك يتم تحديد مجموعة مختصرة من ثلاثة أهداف نهائية قابلة للقياس الكمي لتمثيل المفاضلات والشواغل الرئيسية بين مجموعات أصحاب المصلحة مع العمل كمقاييس لنجاح جهود الحفظ المحورية العابرة للحدود. إن التركيز على عدد أقل من الأهداف النهائية يضمن الجدوى وقابلية الفهم لإجراء تحليل القرار التشاركي.

من خلال العمل مع المدربين، تحدد سلطات المتنزه قائمة بالعوامل التي لها تأثير محتمل قوي على الأهداف النهائية والتي تقع جزئياً على الأقل خارج نطاق سيطرة موظفي المتنزه. ثم يقومون بعد ذلك بتضييق نطاق العوامل الخارجية إلى مجموعة محورية تنطوي على درجة عالية من عدم اليقين بشأن حجمها وتأثيراتها على الأهداف النهائية. بعد ذلك، تضع سلطات المتنزه سيناريوهين بديلين يمثلان المسارات المستقبلية المحتملة للعوامل الخارجية. ويفترض سيناريو الوضع الراهن أن ديناميكيات النظام (أي العوامل الخارجية إلى جانب تأثيراتها وفعالية أنشطة الإدارة في تحقيق الأهداف) ستتبع المسار المستقبلي الأكثر احتمالاً. أما السيناريو المتفائل فيفترض أن ديناميكيات النظام ستكون أكثر ملاءمة من المتوقع لتحقيق الأهداف. ولإبقاء التحليل التشاركي للقرارات ممكناً، يمكن توثيق سيناريوهات إضافية (متشائمة مثلاً) للتحليلات المستقبلية. بعد إدراج أنشطة الإدارة المحتملة، تقوم سلطات المتنزه بشكل مستقل بتخصيص نسبة مئوية لكل نشاط بطريقة تعتقد أنها ستحقق الأهداف على الأرجح في ظل كل سيناريو للعوامل الخارجية.

من خلال ورش العمل والمكالمات الجماعية، يقوم الفريق الأساسي بتطوير مخطط تأثير موجز يمثل العلاقات الافتراضية الرئيسية بين الإجراءات المحتملة والعوامل الخارجية والأهداف النهائية. يستخدم المدربون هذا الرسم البياني كأساس مفاهيمي عند تطوير شبكة قرار بايزي، والتي تسمح بتعيين قيم أصحاب المصلحة والاحتمالات داخل مخطط التأثير. وبالتالي، توفر شبكة القرار البايزي تصوراً لنموذج القرار الكمي. في إطار ورشة عمل أخرى تضم أصحاب المصلحة الثمانية الممثلين وما يصل إلى خبيرين، يطلب المدربون من كل مشارك على حدة تقديم مدخلات رقمية للنموذج. هناك نوعان من الأسئلة للاستنباط على مقياس من 0 إلى 100%: 1) النسبة المئوية لاحتمال أن يتبع عامل خارجي معين أو هدف نهائي معين مسارًا معينًا مع مراعاة العوامل الخارجية الأخرى وخيارات التخصيص؛ 2) النسبة المئوية للرضا عن كل مجموعة ممكنة من النتائج للأهداف النهائية الثلاثة. خلال المناقشة التالية، يتفق أصحاب المصلحة على مجموعة من التنبؤات ودرجات الرضا لتمثيل المتوسطات بين المشاركين في تحليل القرار.

يُعرّف خيار التخصيص الموصى به على أنه الخيار الذي يحقق الرضا الأكبر المتوقع لأصحاب المصلحة، والذي يتم حسابه بناءً على مدخلات وهيكل شبكة القرار البايزي. وإدراكاً لأوجه عدم اليقين بشأن التنبؤات المستنبطة ومستويات الرضا، يجري المحللون تحليلاً للحساسية لاستكشاف ما إذا كان التخصيص الموصى به يتغير اعتماداً على مجموعة المدخلات المستخدمة في التحليل. وعلى وجه الخصوص، يقومون بإجراء التحليل مرتين: مرة باستخدام متوسط المدخلات ثم مرة ثانية استناداً إلى المدخلات (من الفرد) فقط لكل متغير الأكثر تفضيلاً لخيار التخصيص المعارض (أي الخيار الذي يتمتع بالرضا المتوقع الأقل في ظل متوسط المدخلات). إذا تغيرت التوصية بعد التشغيل الثاني للنموذج، يستخدم المحللون النتائج من كلا التشغيلين للنموذج لحساب القيمة المتوقعة للمعلومات الكاملة. تمثل هذه العملية الحسابية النسبة المئوية المتوقعة لزيادة الرضا إذا تم حل أوجه عدم اليقين حول المتغيرات والعلاقات في النموذج بشكل كامل من خلال إجراء المزيد من البحث. ويوفر ذلك طريقة للتحقق من متانة التخصيص الموصى به في حالة عدم اليقين ويمكن أن يؤدي إلى توصيات لمزيد من البحث لتحسين عملية صنع القرار.

ويمكن مساعدة الإدارة الفعالة في المجال البحري إلى حد كبير من خلال مساعدات تكنولوجية مختلفة؛ ومن الأمثلة على ذلك: - النظام العالمي لتحديد المواقع - وهو نظام ملاحة عبر الأقمار الصناعية يمكن لأي شخص لديه جهاز استقبال للنظام العالمي لتحديد المواقع (بما في ذلك معظم الهواتف المحمولة) الوصول إليه. شريطة أن يكون هناك وصول غير محجوب إلى أربعة أقمار صناعية أو أكثر تابعة للنظام العالمي لتحديد المواقع، فإن النظام العالمي لتحديد المواقع سيوفر موقعاً ثلاثي الأبعاد والسرعة والوقت في أي مكان على الأرض. - نظام مراقبة السفن - وهو نظام تتبع إلكتروني تستخدمه الوكالات التنظيمية لمراقبة أنشطة سفن الصيد التجارية. ويمكن أن يلعب نظام رصد السفن دوراً هاماً في إدارة مصايد الأسماك، بما في ذلك منع الصيد غير القانوني وحماية البيئة البحرية. ويتطلب نظام تحديد المواقع العالمي لتحديد المواقع على متن السفينة والاتصال بين السفينة والشاطئ، وعادة ما يكون ذلك عبر الأقمار الصناعية. وله تطبيقات أوسع نطاقاً (مثل تجنب الاصطدام) ويمكن استخدامه لمراقبة السفن حتى مسافة 200 ميل بحري من سواحل معظم البلدان. - نظام تحديد الهوية الآلي (AIS) - نظام بث لاسلكي يمكّن السفن المجهزة بنظام تحديد الهوية الآلي والمحطات الساحلية من تحديد وتحديد مواقع السفن ومسارها وسرعتها. تستخدم خدمات حركة مرور السفن (VTS) نظام تحديد الهوية الآلي (AIS) لمراقبة السفن في الموانئ والممرات المائية المزدحمة والمياه الشاطئية، وذلك في المقام الأول من أجل السلامة والكفاءة.

يجب أن تكون حدود المنطقة البحرية المحمية (أو المناطق داخل المنطقة البحرية المحمية) قابلة للتحديد أثناء وجودها على الماء. وتقليدياً، كانت حدود المناطق البحرية المحمية البحرية في المناطق الساحلية الساحلية تُشير إلى بعض المعالم الطبيعية الواضحة أو باستخدام المسافة من معلم مثل الخط الساحلي. وفي بعض الحالات، يتم ترسيم الحدود البحرية باستخدام علامات ثابتة على الأرض أو عوامات عائمة لتحديد الحدود البحرية، ولكن هناك تكاليف كبيرة لتركيب وصيانة هذه البنية التحتية. وبالنسبة للمياه العميقة أو في المحيطات المفتوحة أو المناطق البحرية المحمية الكبيرة، فإن وضع عوامات لتحديد الحدود أمر صعب للغاية، إن لم يكن مستحيلاً، كما أن التكلفة باهظة. ولهذه الأسباب، يقوم مديرو المناطق البحرية المحمية بتعيين هذه الحدود البحرية باستخدام إحداثيات النظام العالمي لتحديد المواقع (انظر الموارد الخاصة بحدود المناطق القائمة على الإحداثيات). وقد أظهرت التجربة أنه قد يكون من الصعب تحديد المعالم المغمورة (مثل خطوط الأعماق والشعاب المرجانية والضفاف وحطام السفن وما إلى ذلك) لذلك لا ينبغي استخدامها للحدود البحرية. تتمتع محمية فلوريدا كيز البحرية الوطنية بخبرة كبيرة في تركيب البنية التحتية البحرية للحدود البحرية؛ وقد قام موظفو المحمية بتركيب أكثر من 100 عوامة صفراء لتحديد المناطق البحرية؛ وأكثر من 120 عوامة و/أو علامة لتحديد مناطق إدارة الحياة البرية، وهم مسؤولون عن أكثر من 500 عوامة إرساء.

ومن الأمور الواضحة التي يفضلها معظم مديري المناطق البحرية المحمية أن يكون لديهم أسطول من السفن الموثوقة والآمنة والصالحة للاستخدام، والتي تتم صيانتها وتشغيلها بشكل جيد. ومع ذلك، في بعض الأحيان، يكون من الأنسب تقاسم دوريات السفن أو بعض مهام الإدارة البحرية (على سبيل المثال مع الوكالات الحكومية الأخرى أو عن طريق استئجار سفينة من القطاع الخاص). يمكن أن يشكل تشغيل سفن الإدارة المتخصصة وصيانتها المستمرة تحديات كبيرة، خاصة إذا لم يكن هناك عدد كافٍ من الموظفين في الوكالة الذين يتمتعون بالقدرة التقنية اللازمة، أو إذا كانت أموال التشغيل للعمليات المنتظمة الجارية محدودة. إن تحديد ما إذا كان يجب شراء أصول باهظة الثمن (مثل سفن الدوريات السريعة المتخصصة للإنفاذ أو سفينة عاملة ثابتة لتركيب مرافق مثل المراسي أو علامات عدم الرسو) يجب أن يأخذ في الاعتبار هدف توفير المستوى المطلوب من الخدمة وتواتر استخدامها المحتمل بأكثر الطرق فعالية من حيث التكلفة. كما يمكن تعزيز إدارة المناطق البحرية المحمية عن طريق تقاسم المسؤولية والمعلومات كما هو موضح في الحل الأزرق بشأن الحوكمة المشتركة في منطقة الخليج العربي. قد تنطوي الإدارة أيضًا على تقاسم أصول مادية أخرى غير القوارب فقط؛ على سبيل المثال قد تشمل الأصول المشتركة قواعد العمليات والمكاتب والمركبات وحتى الطائرات.

العديد من المشكلات التي تواجه المناطق البحرية المحمية لا يمكن معالجتها بفعالية من خلال إدارة المجال البحري وحده؛ على سبيل المثال: - جودة المياه - تنشأ معظم مشكلات جودة المياه على اليابسة - التطورات الساحلية، على سبيل المثال الموانئ - معظمها خارج نطاق السيطرة القضائية للمناطق البحرية المحمية - زيادة النمو السكاني والاستجمام - الإدارة البحرية لا تفعل الكثير للحد من النمو أو الحد من بعض الآثار المترتبة - تغير المناخ - قد تؤدي الإدارة إلى بناء القدرة على الصمود ولكن تغير المناخ مشكلة عالمية يقتصر المتنزه البحري في منطقة خليج غينيا الاستوائية على المياه الواقعة في اتجاه البحر عند علامة المياه المنخفضة لذلك لا يشمل أراضي المد والجزر/مياه المد والجزر؛ المناطق الساحلية الرئيسية مثلز. الموانئ و"المياه الداخلية" في كوينزلاند مستبعدة أيضًا (يحدد حل أزرق آخر تقسيم المناطق التكميلية، بغض النظر عن الولاية القضائية المطبقة). يوسع نهج الإدارة المتكاملة مع الوكالات الأخرى من تأثير الإدارة خارج المتنزه البحري بحيث يتم معالجة الجزر ومناطق المد والجزر والعديد من الأنشطة في مستجمعات المياه بشكل فعال. على سبيل المثال، فإن رسم خرائط النظم الإيكولوجية الساحلية، وتحديد المناطق الرئيسية داخل مستجمعات المياه، والعمل مع المزارعين لتقليل آثارها على جودة المياه، تهدف على وجه التحديد إلى معالجة الواجهة البرية - البحرية والأراضي والمياه الساحلية المجاورة.

التقسيم المكاني هو واحد فقط من بين العديد من الأدوات المكانية المستخدمة في الحاجز المرجاني العظيم. يتم تصوير الطبقات المكانية الأخرى في الخرائط أدناه، والتي تظهر نفس المنطقة من الحاجز المرجاني العظيم مع طبقات مختلفة فوق التقسيم. يتم تطبيق مجموعة من أدوات الإدارة متعددة الأبعاد (المكانية وغير المكانية والزمنية)، بعضها جزء من خطة تقسيم الحاجز المرجاني العظيم القانونية، بينما يوجد البعض الآخر في وثائق قانونية أخرى. تشمل الإدارة غير المكانية حدود الكيس أو حدود حجم الصيد، أو مجموعة واسعة من التصاريح؛ أما الإدارة الزمانية فتشمل الإغلاق الموسمي في أوقات تكاثر الأسماك الرئيسية أو الإغلاق المؤقت للأنشطة قصيرة الأجل مثل التدريب العسكري. لذا، بدلاً من خطة إدارة واحدة لمياه الخليج العربي يوجد نظام إدارة شامل ثلاثي الأبعاد، يضم خطط الوكالة الفيدرالية وخطط وكالات الولايات وخطط أخرى (مثل إدارة مصايد الأسماك والموانئ وغيرها). وتشكل هذه المجموعة الكاملة من أدوات الإدارة اليوم إطاراً إدارياً شاملاً ومتكاملاً ومنسقاً بين الوكالات والولايات القضائية. ومع ذلك، لا يتم عرض كل جانب من جوانب الإدارة المكانية في خرائط تقسيم المناطق المتاحة للجمهور، حيث تسمح التصاريح (غالباً ما تكون مرتبطة بمناطق أو مواقع محددة داخل المناطق) بمستوى مفصل لإدارة الموقع لا يمكن تحقيقه من خلال تقسيم المناطق وحده.

وتساعد هذه اللبنة الأساسية على تحديد العوامل التي تهدد تجمعات أسود البحر من خلال نهج متعدد العوامل واضح مكانياً. والنتيجة هي مجموعة من الإجراءات المقررة لكل مجموعة في نفس المجال الجغرافي، اعتماداً على خصائصها التشخيصية، وتجنب الحل العام "الشامل" الذي قد يكون غير فعال. لكل مستعمرة أو مجموعة من أسود البحر، يتم اختيار مجموعة من العوامل البيئية ووصفها من منظور تاريخي. ومن الأمثلة على العوامل ذات الصلة: درجة حرارة البحر، ومؤشر ارتفاع منسوب مياه البحر، ودرجة الحموضة، والكلوروفيل، والتركيب الغذائي لأسود البحر، والحمل الميكروبي، والمعادن الثقيلة. بعد ذلك، يتم تحديد مجموعة من العوامل المحركة التي تؤثر على المنطقة محل الاهتمام، ويتم تحديد تأثيرها في العوامل لسنة معينة وتأهيلها. يمكن أن تكون الدوافع التذبذب الجنوبي للنينيو، وتغير المناخ، والصيد الجائر، والتلوث. يمكن أن تكون النتيجة النهائية أن تتأثر مستعمرات قليلة أو عدة مستعمرات فقط، حتى في نفس المنطقة الجغرافية أو المنطقة الفرعية.