Estructura transfronteriza para la gobernanza del bien de Patrimonio Mundial

Además de contener el patrimonio cultural designado en virtud de la Ley para la Protección de los Bienes Culturales ejecutada por la Agencia de Asuntos Culturales, el bien contiene áreas que conforman el Parque Nacional Yoshino-Kumano cuya administración está a cargo del Ministerio de Medio Ambiente y las 3 prefecturas relacionadas: Wakayama, Nara y Mie, y sus autoridades locales. El Consejo de las Tres Prefecturas para los Sitios Sagrados del Patrimonio Mundial y las Rutas de Peregrinación en las Montañas Kii, se estableció para la nominación a la Lista del Patrimonio Mundial, y después de la inscripción, está a cargo de coordinar las acciones de conservación y desarrollar el plan de gestión. Los gobernadores de las 3 prefecturas actúan como presidentes y vicepresidentes, mientras que los alcaldes y jefes de educación de los municipios actúan como miembros del consejo. La Agencia de Asuntos Culturales participa como observadora. La protección de los bienes culturales se lleva a cabo en cooperación con el departamento de protección de los bienes culturales y desarrollo regional de cada prefectura y el responsable del municipio. Además, el Consejo cuenta con el asesoramiento de un comité científico formado por expertos de varios campos.

El gran interés de las 3 prefecturas y del gobierno en inscribir el paisaje cultural de las montañas Kii en la Lista del Patrimonio Mundial permitió el establecimiento de una asociación entre las prefecturas y las instituciones gubernamentales a cargo de la conservación con el fin de desarrollar la nominación.

De acuerdo con las recomendaciones del Comité del Patrimonio Mundial en el momento de la inscripción, las 3 prefecturas formularon un plan integral de gestión de la conservación y establecieron un sistema en el que los 3 consejos de las prefecturas toman la iniciativa en la conservación y la gestión. Este sistema tuvo un gran impacto en la forma en que varias prefecturas de Japón nominaron otros sitios para su inscripción en la Lista del Patrimonio Mundial y gestionaron su conservación como Fujisan, lugar sagrado y fuente de inspiración artística (Monte Fuji).