La nueva red de zonas de prohibición de pesca (NTZ) en la GBR se guió por 11 Principios Operativos Biofísicos desarrollados utilizando los principios generales de diseño de reservas y los mejores conocimientos disponibles sobre el ecosistema de la GBR (ver Recursos). Entre ellos se incluyen:

• Tener unas pocas ZNT más grandes (en lugar de muchas más pequeñas)
• Tener un número suficiente de ZNT para evitar impactos negativos.
• Cuando un arrecife está dentro de una ZTN, debe incluirse todo el arrecife.
• Representar al menos el 20% de cada biorregión en las ZNT.
• Representar la diversidad entre plataformas y latitudes en la red de ZNT.
• Aprovechar al máximo la información medioambiental, como la conectividad, para formar redes viables.
• Incorporar lugares biofísicamente especiales o únicos.
• Tener en cuenta los usos marítimos y terrestres adyacentes a la hora de elegir las ZTN.

También se aplicaron cuatro Principios Operativos de Viabilidad Social, Económica, Cultural y de Gestión:

• Maximizar la complementariedad de las ZNT con los valores, actividades y oportunidades humanas;
• Garantizar que la selección final de las ZTN reconozca los costes y beneficios sociales;
• Maximizar la ubicación de las ZNT en lugares que complementen e incluyan los acuerdos de gestión y tenencia presentes y futuros; y
• Maximizar la comprensión y aceptación públicas de las ZNT y facilitar su aplicación.

Los límites de zona pueden describirse a una distancia determinada del borde de un accidente geográfico (por ejemplo, "500 m del borde del arrecife"). El resultado suele ser un límite de zona de forma irregular. Representar un arrecife o un grupo de arrecifes de esta manera puede parecer ecológicamente apropiado en un mapa, pero utilizar el borde de esos accidentes para trazar los límites de la zona ha demostrado ser muy difícil de interpretar en el agua. Por ejemplo, muchas partes de los arrecifes están fragmentadas o a veces sumergidas, por lo que es difícil determinar en el agua el borde del arrecife y utilizarlo para estimar una distancia. Además, no es fácil calcular 500 m (ni siquiera 100 m) sobre el agua. Por ello, en el Plan de Zonificación de la GBR de 2003 se introdujeron límites zonales basados en coordenadas, en longitud/latitud y expresados en grados y minutos decimales. Dichos límites abarcan todas las características ecológicas (es decir, quedan fuera de los límites de los arrecifes y las islas). Los límites de las zonas están orientados al norte, sur, este y oeste para facilitar la navegación o comprenden líneas rectas entre dos coordenadas fáciles de determinar. Las líneas rectas parecen menos "apropiadas desde el punto de vista ecológico", pero son más fáciles de localizar y aplicar en zonas de alta mar, sobre todo si se utilizan dispositivos electrónicos como, por ejemplo, un sistema de posicionamiento global GPS o un plotter.

La diferencia entre la zonificación por objetivos y la zonificación por actividades se explica mejor con un ejemplo: una zona de "prohibición de la pesca de arrastre" puede indicar claramente que una actividad está prohibida (es decir, toda la pesca de arrastre está prohibida en esa zona), pero puede no estar claro qué otras actividades pueden estar permitidas o no. El objetivo de la Zona de Protección de Hábitats permite realizar en ella una serie de actividades que tienen un impacto (relativamente) mínimo en los hábitats bentónicos; por ejemplo, se permite la navegación, el buceo y la investigación de impacto limitado, así como algunas actividades extractivas como la pesca con sedal, la pesca con red, la pesca con curricán y la pesca submarina (es decir, algunas actividades pesqueras, pero no todas). Sin embargo, el objetivo de la zona y las disposiciones de zonificación relacionadas prohíben claramente la pesca de arrastre de fondo, el dragado o cualquier otra actividad perjudicial para los hábitats sensibles de esa zona. En la mayoría de los océanos hay muchas actividades marinas existentes o potenciales que necesitan ser gestionadas, pero muchas de estas actividades son complementarias y pueden darse dentro de la misma zona; si la zonificación se utiliza para abordar todas las actividades existentes (y la zonificación oceánica es sin duda una herramienta importante para hacerlo), entonces es preferible que la zonificación sea por objetivos en lugar de por cada actividad individual.

En algunas partes del mundo, la zonificación se basa únicamente en permitir o prohibir determinadas actividades en áreas específicas. En la GBR existe un espectro de zonas, cada una de ellas con diferentes objetivos; estas zonas permiten la realización de una serie de actividades siempre que cada una de ellas cumpla el objetivo de zona correspondiente. Las disposiciones del Plan de Zonificación se aplican a todos los usuarios de la GBR. El Plan de Zonificación establece en detalle dos listas específicas de disposiciones de "uso o entrada" para cada zona; éstas ayudan a determinar los tipos de actividades que son apropiadas en esa zona en particular. 1. La primera lista indica las actividades que están permitidas en esa zona ("de pleno derecho") y que no requieren permiso; 2. La segunda lista estipula qué actividades pueden realizarse en esa zona concreta, pero sólo después de que se haya evaluado la solicitud de permiso y, si la solicitud cumple todos los requisitos necesarios, se haya concedido el permiso. La normativa especifica el proceso de evaluación y los criterios para obtener un permiso, que varían en función de la actividad propuesta. Algunas zonas también pueden estipular restricciones sobre los tipos de artes de pesca, lo que también proporciona distintos niveles de protección. Si una actividad no figura en los puntos 1 y 2, está prohibida en esa zona.