L'AMP de Joal-Fadiouth a été créée le 4 novembre 2004. L'idée de la conservation des ressources marines, et donc de la création de l'AMP, est venue directement de la communauté locale de pêcheurs. Avec la communauté des pêcheurs, l'AMP est cogérée par la Direction des Aires Marines Protégées Communautaires (DAMCP), qui a été créée afin de soutenir les stratégies nationales du Sénégal en matière de croissance bleue et de conservation de la biodiversité.
En 2006, un comité de gestion a été créé. Celui-ci représente tous les groupes d'acteurs concernés qui sont directement ou indirectement touchés ou impliqués dans l'APM, notamment les pêcheurs, les femmes transformatrices de poisson, les professionnels du tourisme ou la police. Au total, 18 représentants font partie du comité de gestion.
L'existence d'un comité de gestion fonctionnant correctement a joué un rôle essentiel dans le développement du projet. Les membres de l'AMP n'ont pas voulu être les seuls hôtes d'un projet de plus, piloté par une ONG extérieure. Ils voulaient mettre en œuvre la cartographie eux-mêmes, afin de répondre à leurs besoins de gestion propres. Par conséquent, leur premier défi a été d'obtenir une expertise technique suffisante pour mener à bien les activités. Le projet a commencé par des activités de renforcement de capacités, soutenues par la Fondation FIBA pour les aspects techniques et financiers, et par le Réseau régional d'AMP (RAMPAO) pour la conception de l'exercice de cartographie.