Sistem pendukung keputusan (DSS) atau alat bantu analisis, seperti Marxan atau SeaSketch, sering kali dipromosikan sebagai prasyarat untuk perencanaan tata ruang laut yang efektif, yang memberikan solusi cepat dan andal untuk masalah perencanaan. Wajar jika pengguna DSS berharap bahwa dengan menggunakan DSS akan menghasilkan 'jawaban' dan dengan demikian memberikan solusi untuk masalah perencanaan mereka. Lebih sering daripada tidak, DSS memberikan hasil yang sederhana yang perlu dimodifikasi dengan menggunakan metode perencanaan lainnya. Semua alat bantu DSS memiliki keterbatasan dan tidak dapat mengkompensasi data yang hilang atau tidak lengkap. Mereka dapat menghasilkan efek samping yang tidak diinginkan dan sering kali tidak dapat menyamai kompleksitas masalah perencanaan di dunia nyata. Hasil perencanaan hanya memiliki nilai praktis yang kecil jika nilai sosial, budaya dan ekonomi tidak dipertimbangkan - namun jarang sekali data tersebut tersedia dalam bentuk yang dapat diubah menjadi DSS atau pada resolusi spasial yang sesuai. Di GBR, DSS menghasilkan 'jejak' berbagai pilihan zona 'larang tangkap', tetapi tidak dapat memenuhi delapan jenis zona, sehingga metode perencanaan lain perlu diterapkan. Namun, manfaat yang sesungguhnya adalah kemampuan untuk menghasilkan metrik untuk menginformasikan pengembangan jaringan zonasi larang tangkap yang terbaik.
Marxan dikembangkan oleh University of Queensland sebagai versi modifikasi dari SPEXAN untuk memenuhi kebutuhan GBRMPA selama Program Wilayah Perwakilan dan pengembangan Rencana Zonasi tahun 2003. Gambar di bawah ini menunjukkan bahwa Marxan tidak menghasilkan jaringan zonasi akhir di GBR, tetapi memberikan dukungan keputusan yang sangat berharga melalui penghitungan post-hoc dari berbagai opsi, yang memungkinkan penilaian cepat terhadap implikasi dari setiap opsi dalam kaitannya dengan masing-masing tujuan perencanaan.
Pada kenyataannya, DSS tidak dapat melakukan penyetelan skala halus dan pertukaran politik yang pasti terjadi pada tahap akhir perencanaan, sehingga DSS tidak akan pernah dapat menghasilkan solusi pragmatis akhir untuk tugas perencanaan apa pun. Beberapa kekurangan DSS adalah:
- Beberapa informasi perencanaan, terutama data sosial-ekonomi, mungkin tidak mudah diterapkan ke dalam DSS.
- Meskipun DSS dapat menghasilkan 'solusi', DSS pasti akan disempurnakan jika/ketika nilai-nilai sosio-ekonomi diperkenalkan. Nilai-nilai ini sering kali tidak terwakili dalam data, namun sering kali merupakan nilai yang paling mendasar untuk hasil yang dapat diterima secara sosial.
- Data yang buruk akan selalu menghasilkan hasil yang buruk.
- Sebagian besar perangkat DSS kontemporer tidak mungkin memenuhi semua kebutuhan pengguna; dalam program perencanaan GBR, bahkan 'aturan' sederhana seperti 'semua cadangan tidak boleh lebih kecil dari...' tidak dapat diimplementasikan secara langsung oleh DSS.
- Beberapa pemangku kepentingan waspada terhadap model 'kotak hitam' atau DSS (misalnya Marxan atau Seasketch) yang tidak mereka pahami.