Langkah pertama adalah mengidentifikasi kelompok-kelompok pemangku kepentingan yang harus dipertimbangkan ketika menjawab pertanyaan mengenai pengelolaan lintas batas, termasuk namun tidak terbatas pada staf kawasan lindung itu sendiri. Enam kelompok pemangku kepentingan diidentifikasi: konservasi alam, pertanian, kehutanan, pariwisata, penelitian, serta masyarakat lokal dan pemerintah daerah. Tim inti kemudian mengidentifikasi hingga 8 perwakilan pemangku kepentingan untuk diikutsertakan dalam proses analisis keputusan. Setiap otoritas taman nasional yang berpartisipasi kemudian secara independen mengidentifikasi 2-5 kekhawatiran dan/atau keinginan dari perspektif masing-masing kelompok pemangku kepentingan. Selanjutnya, setiap tim inti mengubah keinginan dan keprihatinan menjadi pernyataan tujuan, dan tujuan akhir kemudian dibedakan dari tujuan antara yang hanya merupakan sarana untuk mencapai tujuan akhir. Tiga tujuan utama yang terukur kemudian diidentifikasi untuk mewakili pertukaran utama dan keprihatinan di seluruh kelompok pemangku kepentingan sekaligus berfungsi sebagai ukuran keberhasilan upaya konservasi lintas batas yang menjadi fokus. Berfokus pada sejumlah kecil tujuan utama memastikan kelayakan dan pemahaman untuk melakukan analisis keputusan partisipatif.

Bekerja sama dengan para pembina, otoritas taman nasional mengidentifikasi daftar faktor yang memiliki potensi pengaruh yang kuat terhadap tujuan akhir dan setidaknya sebagian berada di luar kendali staf taman nasional. Mereka kemudian mempersempit faktor-faktor eksternal menjadi satu set fokus yang memiliki tingkat ketidakpastian yang tinggi mengenai besaran dan pengaruhnya terhadap tujuan akhir. Selanjutnya, otoritas taman nasional mengembangkan dua skenario alternatif yang mewakili kemungkinan lintasan masa depan untuk faktor-faktor eksternal. Skenario status quo mengasumsikan bahwa dinamika sistem (yaitu, faktor-faktor eksternal beserta dampaknya dan efektivitas kegiatan pengelolaan untuk mencapai tujuan) akan mengikuti lintasan masa depan yang paling mungkin terjadi. Skenario optimis mengasumsikan bahwa dinamika sistem lebih menguntungkan daripada yang diharapkan untuk mencapai tujuan. Agar analisis keputusan partisipatif tetap dapat dilakukan, skenario tambahan (misalnya pesimis) dapat didokumentasikan untuk analisis di masa mendatang. Setelah membuat daftar kegiatan pengelolaan yang memungkinkan, otoritas taman nasional secara independen menetapkan alokasi persen untuk setiap kegiatan dengan cara yang mereka yakini akan mencapai tujuan dalam setiap skenario untuk faktor eksternal.

Melalui lokakarya dan panggilan konferensi, tim inti mengembangkan diagram pengaruh ringkas yang mewakili hubungan hipotesis utama antara tindakan yang mungkin dilakukan, faktor eksternal, dan tujuan akhir. Para pelatih menggunakan diagram ini sebagai dasar konseptual ketika mengembangkan jaringan keputusan Bayesian, yang memungkinkan untuk menetapkan nilai dan probabilitas pemangku kepentingan di dalam diagram pengaruh. Oleh karena itu, jaringan keputusan Bayesian memberikan visualisasi model keputusan kuantitatif. Dalam pengaturan lokakarya lain yang mencakup 8 pemangku kepentingan yang mewakili dan hingga 2 ahli, pelatih meminta setiap peserta untuk secara individu memberikan input numerik untuk model. Ada dua jenis pertanyaan untuk elisitasi dengan skala dari 0 hingga 100%: 1) persentase peluang bahwa faktor eksternal atau tujuan akhir tertentu akan mengikuti lintasan tertentu dengan memperhitungkan faktor eksternal lainnya dan pilihan alokasi; 2) persentase kepuasan terhadap setiap kombinasi hasil yang mungkin untuk ketiga tujuan akhir. Dalam diskusi berikutnya, para pemangku kepentingan menyepakati serangkaian prediksi dan nilai kepuasan untuk mewakili rata-rata di antara para peserta dalam analisis keputusan.

Opsi alokasi yang direkomendasikan didefinisikan sebagai opsi yang memberikan kepuasan pemangku kepentingan yang lebih besar, yang dihitung berdasarkan input dan struktur jaringan keputusan Bayesian. Menyadari adanya ketidakpastian mengenai prediksi yang dihasilkan dan tingkat kepuasan, para analis melakukan analisis sensitivitas untuk mengetahui apakah alokasi yang direkomendasikan berubah tergantung pada serangkaian input yang digunakan untuk analisis. Secara khusus, mereka menjalankan analisis dua kali: satu kali menggunakan input rata-rata dan kemudian untuk kedua kalinya hanya berdasarkan input (dari individu) untuk setiap variabel yang paling menguntungkan bagi opsi alokasi yang berlawanan (yaitu opsi dengan kepuasan yang diharapkan lebih rendah di bawah input rata-rata). Jika rekomendasi berubah setelah model kedua dijalankan, maka analis menggunakan hasil dari kedua model tersebut untuk menghitung nilai yang diharapkan dari informasi yang sempurna. Perhitungan ini mewakili persen peningkatan kepuasan yang diharapkan jika ketidakpastian tentang variabel dan hubungan dalam model sepenuhnya diselesaikan melalui penelitian lebih lanjut. Hal ini memberikan cara untuk memeriksa ketahanan alokasi yang direkomendasikan terhadap ketidakpastian dan dapat menghasilkan rekomendasi untuk penelitian lebih lanjut untuk meningkatkan pengambilan keputusan.

Manajemen yang efektif di bidang kelautan dapat sangat terbantu dengan berbagai bantuan teknologi; contohnya meliputi: - Sistem Pemosisian Global (Global Positioning System/GPS) - sistem navigasi satelit yang dapat diakses oleh siapa pun yang memiliki penerima GPS (termasuk sebagian besar ponsel). Asalkan ada akses tanpa halangan ke empat atau lebih satelit GPS, GPS akan memberikan posisi, kecepatan, dan waktu tiga dimensi di mana pun di Bumi. - Sistem Pemantauan Kapal (Vessel Monitoring System/VMS) - sistem pelacakan elektronik yang digunakan oleh badan pengawas untuk memantau aktivitas kapal penangkap ikan komersial. VMS dapat memainkan peran penting dalam manajemen perikanan, termasuk pencegahan penangkapan ikan ilegal dan melindungi lingkungan laut. VMS membutuhkan GPS di kapal dan komunikasi antara kapal dan pantai, biasanya melalui satelit. VMS memiliki aplikasi yang lebih luas (misalnya, menghindari tabrakan) dan dapat digunakan untuk memantau kapal hingga 200 nm dari pantai di sebagian besar negara. - Sistem Identifikasi Otomatis (AIS) - sistem penyiaran radio yang memungkinkan kapal yang dilengkapi AIS dan stasiun pantai untuk mengidentifikasi dan menemukan posisi, arah, dan kecepatan kapal. Layanan lalu lintas kapal (Vessel traffic services - VTS) menggunakan AIS untuk memantau kapal di pelabuhan, jalur perairan yang sibuk, dan perairan pedalaman, terutama untuk keselamatan dan efisiensi.

Batas-batas KKL (atau zona di dalam KKL) harus dapat diidentifikasi saat berada di air. Secara tradisional, batas-batas KKP di daratan dirujuk ke beberapa fitur alami yang jelas atau dengan menggunakan jarak dari fitur seperti garis pantai. Dalam beberapa kasus, demarkasi fisik batas laut telah dilakukan dengan menggunakan penanda tetap di daratan atau pelampung penanda terapung, tetapi ada biaya yang signifikan untuk memasang dan memelihara infrastruktur semacam itu. Untuk kondisi laut dalam, laut terbuka atau untuk KKL besar, penempatan pelampung penanda sangat sulit, jika tidak mustahil, dan biayanya sangat mahal. Untuk alasan ini, pengelola KKL menggambarkan batas-batas lepas pantai menggunakan koordinat GPS (lihat Sumber daya untuk batas zona berbasis koordinat). Pengalaman menunjukkan bahwa fitur yang terendam (mis. kontur kedalaman, terumbu karang, tepian, bangkai kapal, dll.) mungkin sulit diidentifikasi sehingga tidak boleh digunakan untuk batas laut. Suaka Margasatwa Laut Nasional Florida Keys memiliki pengalaman yang cukup banyak dalam memasang infrastruktur lepas pantai untuk batas laut; staf FKNMS telah memasang >100 pelampung batas berwarna kuning yang menandai zona laut; lebih dari 120 pelampung batas dan/atau rambu-rambu yang menandai Kawasan Pengelolaan Satwa Liar, dan bertanggung jawab atas >500 pelampung tambat.

Preferensi yang jelas dari sebagian besar pengelola KKL adalah memiliki armada kapal yang andal, aman, dan sesuai dengan tujuan, yang dipelihara dengan baik dan operasional. Namun, terkadang patroli kapal atau beberapa tugas pengelolaan laut lebih tepat dibagi (misalnya dengan lembaga pemerintah lain atau dengan menyewa kapal dari sektor swasta). Pengoperasian dan pemeliharaan berkelanjutan dari kapal pengelolaan khusus dapat menimbulkan tantangan yang signifikan, terutama jika tidak ada staf yang cukup di lembaga dengan kapasitas teknis yang diperlukan, atau jika dana operasi untuk operasi reguler yang sedang berlangsung terbatas. Menentukan apakah akan membeli aset yang mahal (misalnya kapal patroli cepat khusus untuk penegakan hukum atau kapal kerja yang stabil untuk memasang fasilitas seperti tambat atau penanda tanpa jangkar) harus mempertimbangkan tujuan untuk menyediakan tingkat layanan yang diperlukan dan frekuensi penggunaannya dengan cara yang paling hemat biaya. Pengelolaan KKP juga dapat ditingkatkan dengan berbagi tanggung jawab dan informasi seperti yang dijelaskan dalam Solusi Biru tentang Tata Kelola Bersama di GBR. Pengelolaan juga dapat melibatkan pembagian aset fisik lainnya selain kapal; misalnya aset bersama dapat mencakup pangkalan operasional, kantor, kendaraan, dan bahkan pesawat terbang.

Banyak masalah yang dihadapi KKL tidak dapat diatasi secara efektif dengan mengelola wilayah laut saja; misalnya: - kualitas air - sebagian besar masalah kualitas air muncul di darat - pembangunan pesisir, mis. pelabuhan - sebagian besar berada di luar kendali yurisdiksi KKP - meningkatnya pertumbuhan penduduk dan rekreasi - pengelolaan laut tidak banyak membantu untuk mengurangi pertumbuhan atau mengurangi beberapa dampak yang ditimbulkannya - perubahan iklim - pengelolaan dapat membangun ketahanan, tetapi perubahan iklim merupakan isu global Taman Laut GBR terbatas pada perairan di sebelah barat laut dari garis air rendah sehingga tidak termasuk lahan pasang surut/perairan pasang surut; daerah pesisir utama e.g. pelabuhan dan 'perairan internal' Queensland juga tidak termasuk (Solusi Biru lainnya menguraikan zonasi yang saling melengkapi, terlepas dari yurisdiksi mana yang berlaku). Pendekatan pengelolaan terpadu dengan badan-badan lain memperluas pengaruh pengelolaan di luar Taman Laut sehingga pulau-pulau, daerah pasang surut, dan berbagai kegiatan di daerah tangkapan air dapat ditangani secara efektif. Sebagai contoh, pemetaan ekosistem pesisir, identifikasi daerah-daerah utama di dalam daerah tangkapan air, dan bekerja sama dengan para petani untuk meminimalkan dampaknya terhadap kualitas air, secara khusus ditujukan untuk menangani antarmuka darat-laut dan lahan serta perairan pesisir yang berdekatan.

Zonasi hanyalah salah satu dari sekian banyak alat spasial yang digunakan di Great Barrier Reef. Lapisan spasial lainnya digambarkan dalam peta di bawah ini, yang menunjukkan area GBR yang sama dengan lapisan berbeda di atas zonasi. Berbagai alat pengelolaan multi-dimensi (spasial, non-spasial, dan temporal) diterapkan, beberapa di antaranya merupakan bagian dari Rencana Zonasi GBR yang diwajibkan oleh undang-undang, sementara yang lainnya ada dalam dokumen undang-undang lainnya. Manajemen non-spasial mencakup batas kantong atau batas ukuran untuk penangkapan ikan, atau berbagai macam izin; manajemen temporal mencakup penutupan musiman pada waktu pemijahan ikan utama atau penutupan sementara untuk kegiatan jangka pendek seperti pelatihan militer. Jadi, alih-alih satu rencana pengelolaan GBR, ada sistem Manajemen tiga dimensi yang komprehensif, yang terdiri dari rencana lembaga federal, rencana lembaga negara bagian, dan rencana lainnya (misalnya manajemen perikanan, pelabuhan, dll.). Saat ini, perangkat manajemen yang lengkap ini terdiri dari kerangka kerja manajemen yang komprehensif, terintegrasi dan terkoordinasi di seluruh lembaga dan yurisdiksi. Namun, tidak semua aspek pengelolaan spasial ditampilkan dalam peta zonasi yang tersedia untuk umum. Perizinan (sering kali terkait dengan zona tertentu atau lokasi di dalam zona) memungkinkan tingkat pengelolaan lokasi yang lebih rinci yang tidak dapat dilakukan hanya dengan zonasi saja.

Blok bangunan ini membantu mengidentifikasi faktor-faktor yang mengancam populasi singa laut dengan pendekatan spasial-eksplisit dan multifaktorial. Hasilnya adalah serangkaian tindakan yang ditentukan untuk setiap populasi di wilayah geografis yang sama, tergantung pada karakteristik diagnostik mereka, menghindari solusi umum yang bersifat "serba bisa" dan mungkin tidak efektif. Untuk setiap koloni atau populasi singa laut, serangkaian faktor lingkungan dipilih dan dijelaskan dengan perspektif historis. Contoh faktor yang relevan adalah: suhu laut, indeks upwelling, pH, klorofil, komposisi makanan singa laut, beban mikroba, logam berat. Selanjutnya, sekelompok pendorong diidentifikasi sebagai faktor yang mempengaruhi wilayah yang diminati dan untuk tahun tertentu, pengaruhnya terhadap faktor tersebut ditentukan dan dikualifikasikan. Faktor-faktor pendorong tersebut dapat berupa: ENSO, perubahan iklim, penangkapan ikan berlebihan, polusi. Hasil akhirnya bisa jadi hanya beberapa atau beberapa koloni yang terpengaruh, bahkan di wilayah geografis atau sub-wilayah yang sama.