プランニングやゾーニングを行う際、プランナーがプランニングエリア全体について必要とする情報や知識をすべて入手できることは稀である。計画区域全体にわたってより一貫性のある生態学的データであれ、社会的・経済的情報の全容をより完全に理解することであれ、プランナーはしばしば次のような選択に迫られる：

1. より多くのデータが得られるまで待つ（最終的な目的は、必要なデータセットすべてにわたって「完璧な」情報を蓄積することである）。
2. 入手可能な最善の科学的知識を用いて作業し、（計画者と意思決定者が）データの欠陥を理解し、一般市民と意思決定者に明確に説明すれば、完全ではないが十分であることを受け入れる。海洋生態系に関する不十分な知識は、計画時に意味のある目標や望ましい結果を設定する妨げとなる。2002年のデビッド・スズキは、「......今日まで、私たちが実際に確認してきたのは、......全生物の10〜20％程度」であり、「......私たちは、構成要素のインベントリも、すべての構成要素がどのように相互作用するかについての青写真も、事実上役立たずであるのに、どうやって効果的な計画や管理ができるのだろうか」と疑問を投げかけている。

世界のある地域では、ゾーニングは、特定の区域における特定の活動の許可または禁止にのみ基づいている。GBRでは、さまざまなゾーニングが存在し、それぞれゾーニングの目的が異なる。これらのゾーニングは、各活動が関連するゾーニングの目的を遵守していれば、さまざまな活動を許可する。ゾーニング計画の規定は、GBRのすべての利用者に適用される。ゾーニング・プランは、各ゾーンの「使用または立ち入り」に関する2つの具体的な規定を詳細に定めている。1.2つ目のリストは、その特定の区域でどのような活動を行うことができるかを規定するものであるが、許可審査が行われ、申請が必要な要件をすべて満たした場合にのみ許可が下りる。規則では、許可のための審査プロセスと基準を規定している。ゾーンによっては、漁具の種類の制限も規定されており、これによっても保護レベルが異なります。上記(1)または(2)に記載されていない活動は、そのゾーンでは禁止されている。