De eerste stap is het identificeren van groepen belanghebbenden waarmee rekening moet worden gehouden bij het aanpakken van de grensoverschrijdende beheerskwestie, inclusief maar niet beperkt tot de medewerkers van de beschermde gebieden zelf. Er zijn zes groepen belanghebbenden geïdentificeerd: natuurbehoud, landbouw, bosbouw, toerisme, onderzoek, en lokale gemeenschappen en gemeenten. Het kernteam identificeert vervolgens maximaal 8 vertegenwoordigers van belanghebbenden die worden betrokken bij het besluitvormingsproces. Elke deelnemende parkautoriteit identificeert vervolgens onafhankelijk 2-5 zorgen en/of wensen vanuit het perspectief van elke stakeholdergroep. Vervolgens zet elk kernteam de wensen en zorgen om in verklaringen van doelstellingen, en de uiteindelijke doelstellingen worden dan onderscheiden van tussentijdse doelstellingen die slechts middelen zijn om de uiteindelijke doelstellingen te bereiken. Een gereduceerde set van drie uiteindelijke, kwantificeerbare doelstellingen wordt dan geïdentificeerd om de belangrijkste afwegingen en zorgen van alle groepen belanghebbenden weer te geven, terwijl ze dienen als maatstaven voor succes voor de grensoverschrijdende inspanningen voor natuurbehoud. Door te focussen op een kleiner aantal uiteindelijke doelstellingen wordt de haalbaarheid en begrijpelijkheid voor het uitvoeren van de participatieve beslissingsanalyse gewaarborgd.

Samen met de coaches identificeren de parkautoriteiten een lijst van factoren die een sterke potentiële invloed hebben op de uiteindelijke doelstellingen en die op zijn minst gedeeltelijk buiten de controle van de parkmedewerkers liggen. Vervolgens beperken ze de externe factoren tot een focusgroep met een hoge mate van onzekerheid over hun omvang en effecten op de uiteindelijke doelstellingen. Vervolgens ontwikkelen de parkautoriteiten twee alternatieve scenario's die mogelijke toekomstige trajecten voor de externe factoren voorstellen. Een status-quo scenario gaat ervan uit dat de systeemdynamiek (d.w.z. externe factoren samen met hun effecten en de effectiviteit van managementactiviteiten voor het bereiken van de doelstellingen) het meest waarschijnlijke toekomstige traject zal volgen. Een optimistisch scenario gaat ervan uit dat de systeemdynamiek gunstiger is dan verwacht voor het bereiken van de doelstellingen. Om de participatieve beslissingsanalyse haalbaar te houden, kunnen aanvullende scenario's (bijv. pessimistische) worden gedocumenteerd voor toekomstige analyses. Na het opsommen van mogelijke managementactiviteiten wijzen de parkautoriteiten onafhankelijk van elkaar een procentuele toewijzing toe aan elke activiteit op een manier die zij het meest waarschijnlijk achten om de doelstellingen te bereiken onder elk scenario voor externe factoren.

Door middel van workshops en conference calls ontwikkelt het kernteam een beknopt invloedsdiagram dat de belangrijkste veronderstelde relaties tussen de mogelijke acties, externe factoren en uiteindelijke doelstellingen weergeeft. De coaches gebruiken dit diagram als een conceptuele basis bij het ontwikkelen van een Bayesiaans beslissingsnetwerk, dat het mogelijk maakt om waarden en waarschijnlijkheden toe te wijzen aan belanghebbenden binnen het invloeddiagram. Het Bayesiaanse beslissingsnetwerk biedt dus een visualisatie van het kwantitatieve beslismodel. In een andere workshopomgeving met de 8 representatieve stakeholders en maximaal 2 experts, vragen de coaches elke deelnemer om individueel numerieke input te leveren voor het model. Er zijn twee soorten vragen op een schaal van 0 tot 100%: 1) procentuele kans dat een bepaalde externe factor of uiteindelijke doelstelling een bepaald traject zal volgen, rekening houdend met andere externe factoren en toewijzingsopties; 2) procentuele tevredenheid met elke mogelijke combinatie van uitkomsten voor de drie uiteindelijke doelstellingen. Tijdens een volgende discussie komen de belanghebbenden een reeks voorspellingen en tevredenheidsscores overeen om de gemiddelden onder de deelnemers aan de beslissingsanalyse weer te geven.

De aanbevolen toewijzingsoptie wordt gedefinieerd als de optie met de grootste verwachte tevredenheid van belanghebbenden, die wordt berekend op basis van de inputs en de structuur van het Bayesiaanse beslissingsnetwerk. Omdat er onzekerheid bestaat over de uitgelokte voorspellingen en tevredenheidsniveaus, voeren de analisten een gevoeligheidsanalyse uit om te onderzoeken of de aanbevolen toewijzing verandert afhankelijk van de set inputs die voor de analyse worden gebruikt. In het bijzonder voeren ze de analyse twee keer uit: een keer met behulp van de gemiddelde inputs en vervolgens een tweede keer op basis van alleen de input (van het individu) voor elke variabele die het gunstigst is voor de tegengestelde toewijzingsoptie (d.w.z. de optie met de laagste verwachte tevredenheid onder de gemiddelde inputs). Als de aanbeveling verandert na de tweede modelrun, dan gebruiken de analisten de resultaten van beide modelruns om de verwachte waarde van perfecte informatie te berekenen. Deze berekening vertegenwoordigt de verwachte procentuele toename in tevredenheid als de onzekerheden over de variabelen en relaties in het model volledig worden opgelost door verder onderzoek. Dit biedt een manier om de robuustheid van de aanbevolen toewijzing bij onzekerheid te controleren en kan leiden tot aanbevelingen voor verder onderzoek om de besluitvorming te verbeteren.

Effectief beheer op zee kan in grote mate worden ondersteund door verschillende technologische hulpmiddelen; voorbeelden zijn: - Global Positioning System (GPS) - een satellietnavigatiesysteem dat toegankelijk is voor iedereen met een GPS-ontvanger (inclusief de meeste mobiele telefoons). Als er ongehinderde toegang is tot vier of meer GPS-satellieten, kan een GPS overal op aarde driedimensionale positie, snelheid en tijd weergeven. - Vessel Monitoring System (VMS) - een elektronisch volgsysteem dat door regelgevende instanties wordt gebruikt om de activiteiten van commerciële vissersvaartuigen te controleren. VMS kan een belangrijke rol spelen in het visserijbeheer, waaronder het voorkomen van illegale visserij en het beschermen van het mariene milieu. VMS vereist een GPS op het schip en communicatie tussen het schip en de wal, meestal via satelliet. Het heeft bredere toepassingen (bijv. het vermijden van aanvaringen) en kan worden gebruikt om schepen tot 200 nm uit de kust van de meeste landen te volgen. - Automatic Identification System (AIS) - een radiozendsysteem waarmee AIS uitgeruste schepen en walstations de positie, koers en snelheid van schepen kunnen identificeren en lokaliseren. Vessel Traffic Services (VTS) gebruikt AIS om schepen te monitoren in havens, op drukke waterwegen en in kustwateren, voornamelijk voor de veiligheid en efficiëntie.

De grenzen van een MPA (of zones binnen een MPA) moeten op het water herkenbaar zijn. Traditioneel werden MPA-begrenzingen voor de kust gerelateerd aan een voor de hand liggend natuurlijk kenmerk of door gebruik te maken van een afstand tot een kenmerk zoals de kustlijn. In sommige gevallen vond de fysieke afbakening van mariene grenzen plaats met behulp van vaste markeringen op het land of drijvende markeringsboeien, maar er zijn aanzienlijke kosten verbonden aan de installatie en het onderhoud van dergelijke infrastructuur. Voor diepwater, open zee of voor grote MPA's is de plaatsing van markeringsboeien extreem moeilijk, zo niet onmogelijk, en de kosten zijn onbetaalbaar. Om deze redenen bakenen MPA-beheerders dergelijke offshore grenzen af met behulp van GPS-coördinaten (zie Bronnen voor coördinaatgebaseerde zonegrenzen). De ervaring heeft geleerd dat onderwaterkenmerken (bijv. dieptecontouren, riffen, oevers, scheepswrakken, enz.) moeilijk te identificeren kunnen zijn en daarom niet moeten worden gebruikt voor mariene grenzen. Florida Keys National Marine Sanctuary heeft veel ervaring met het installeren van offshore infrastructuur voor mariene grenzen; medewerkers van FKNMS hebben >100 gele grensboeien geïnstalleerd die mariene zones markeren; meer dan 120 grensboeien en/of borden die Wildlife Management Areas markeren, en zijn verantwoordelijk voor > 500 meerboeien.

Een voor de hand liggende voorkeur van de meeste MPA-beheerders is een vloot van betrouwbare, veilige, goed onderhouden en operationele vaartuigen. Soms is het echter beter om vaartuigpatrouilles of bepaalde mariene beheerstaken te delen (bijv. met andere overheidsinstanties of door een vaartuig uit de particuliere sector te charteren). De exploitatie en het onderhoud van gespecialiseerde beheersvaartuigen kan een aanzienlijke uitdaging vormen, vooral als er binnen het agentschap onvoldoende personeel is met de nodige technische capaciteiten of als de bedrijfsmiddelen voor lopende reguliere werkzaamheden beperkt zijn. Om te bepalen of dure middelen moeten worden aangeschaft (bv. gespecialiseerde snelle patrouillevaartuigen voor de handhaving of een stabiel werkvaartuig voor het installeren van faciliteiten zoals meerpalen of no-anchoring markers) moet rekening worden gehouden met de doelstelling om het vereiste dienstverleningsniveau en de frequentie van het waarschijnlijke gebruik ervan op de meest kosteneffectieve manier te leveren. Het beheer van MPA's kan ook worden verbeterd door het delen van verantwoordelijkheid en informatie, zoals uitgelegd in de Blauwe Oplossing voor Gedeeld Bestuur in het GBR. Beheer kan ook het delen van andere fysieke middelen dan alleen boten inhouden; gedeelde middelen kunnen bijvoorbeeld bestaan uit operationele basissen, kantoren, voertuigen en zelfs vliegtuigen.

Veel problemen waarmee MPA's worden geconfronteerd, kunnen niet doeltreffend worden aangepakt door alleen het mariene gebied te beheren, bijv. havens - de meeste vallen buiten het bevoegdheidsgebied van een MPA - toenemende bevolkingsgroei en recreatie - marien beheer doet weinig om de groei in te perken of sommige gevolgen te verminderen - klimaatverandering - beheer kan veerkracht opbouwen, maar klimaatverandering is een wereldwijd probleem Het GBR Marine Park is beperkt tot de wateren zeewaarts van de laagwaterlijn en omvat dus geen getijdengebieden/getijdenwateren; belangrijke kustgebieden, zoals havens en 'binnenwateren' van de GBR.Een geïntegreerde beheerbenadering met andere agentschappen breidt de beheersinvloed uit tot buiten het mariene park, zodat de eilanden, getijdengebieden en vele activiteiten in de stroomgebieden effectief worden aangepakt. Het in kaart brengen van kustecosystemen, het identificeren van belangrijke gebieden binnen stroomgebieden en het samenwerken met boeren om hun impact op de waterkwaliteit te minimaliseren, zijn bijvoorbeeld specifiek gericht op het aanpakken van het grensvlak tussen land en zee en de aangrenzende kustgebieden en -wateren.

Zonering is slechts een van de vele ruimtelijke instrumenten die in het Groot Barrièrerif worden gebruikt. Andere ruimtelijke lagen worden afgebeeld in de onderstaande kaarten, die hetzelfde gebied van het GBR tonen met verschillende lagen boven de zonering. Een reeks multidimensionale beheersinstrumenten (ruimtelijk, niet-ruimtelijk en tijdelijk) wordt toegepast, waarvan sommige deel uitmaken van het wettelijk voorgeschreven GBR zoneringsplan, terwijl andere in andere wettelijk voorgeschreven documenten zijn opgenomen. Niet-ruimtelijk beheer omvat bag limits of size limits voor vissen, of een breed scala aan vergunningen; tijdelijk beheer omvat seizoenssluitingen op belangrijke paaitijden van de vis of tijdelijke sluitingen voor kortetermijnactiviteiten zoals militaire training. Dus in plaats van één enkel GBR-beheerplan bestaat er een uitgebreid driedimensionaal beheersysteem, dat plannen van federale instanties, plannen van staatsagentschappen en andere plannen (bijv. visserijbeheer, havens, enz.) omvat. Vandaag de dag bestaat dit volledige pakket beheersinstrumenten uit een alomvattend beheerskader, geïntegreerd en gecoördineerd tussen agentschappen en jurisdicties. Niet elk aspect van ruimtelijk beheer wordt echter weergegeven op de publiek beschikbare zoneringskaarten. Vergunningen (vaak gebonden aan specifieke zones of locaties binnen zones) maken een gedetailleerd niveau van terreinbeheer mogelijk dat niet mogelijk is met zonering alleen.

Deze bouwsteen helpt bij het identificeren van de factoren die zeeleeuwpopulaties bedreigen met een ruimtelijk-expliciete, multifactoriële benadering. Het resultaat is een reeks voorgeschreven acties voor elke populatie in hetzelfde geografische gebied, afhankelijk van hun diagnostische kenmerken, waardoor een algemene, mogelijk ineffectieve oplossing wordt vermeden. Voor elke kolonie of populatie zeeleeuwen wordt een reeks omgevingsfactoren geselecteerd en beschreven met een historisch perspectief. Voorbeelden van relevante factoren zijn: zeetemperatuur, upwelling index, pH, chlorofyl, samenstelling van het dieet van zeeleeuwen, microbiële belasting, zware metalen. Vervolgens wordt een groep drivers geïdentificeerd die de regio van belang beïnvloeden en voor een bepaald jaar wordt hun invloed in factoren bepaald en gekwalificeerd. Factoren kunnen zijn: ENSO, klimaatverandering, overbevissing, vervuiling. Het eindresultaat kan zijn dat slechts enkele of meerdere kolonies beïnvloed worden, zelfs in dezelfde geografische regio of subregio.