La création de la réserve indigène et du parc national naturel Yaigojé Apaporis a marqué le début d'un nouveau modèle de relation entre les peuples indigènes et le gouvernement colombien. Il était nécessaire de trouver des mécanismes pour assurer la gouvernance et la conservation intégrale de leurs systèmes de vie, sans interférer avec leurs droits à l'autonomie territoriale et à la gestion culturelle qu'ils réalisent traditionnellement. Une fois le parc créé, le processus de formulation de son régime spécial de gestion (REM) a été lancé. Ce régime était l'instrument par lequel l'administration conjointe du parc était partagée entre les parcs nationaux naturels colombiens (PNNC) et l'association des capitaines indigènes Yaigojé Apaporis (ACIYA). L'établissement du REM a nécessité une méthodologie de recherche interne (ou endogène), proposée par les communautés indigènes et soutenue par l'expérience de la Fondation GAIA Amazonas. Cette méthodologie était basée sur les lignes directrices émises par un congrès indigène amazonien qui a identifié les sujets à collecter dans chacune des communautés, afin d'orienter la conception du MER. Cette approche a permis de promouvoir la participation des communautés indigènes, composées de trois représentants et d'un chaman.