تتعاون الشبكة البحرية لخليج كاليفورنيا البحرية والهيئة الوطنية لحماية البيئة البحرية في إطار شراكة بين القطاعين العام والخاص، وهي مؤسسة خليج كاليفورنيا البحرية. وقد تم إضفاء الطابع الرسمي على هذا التعاون في اتفاقية تعاون توضح بالتفصيل دور ومسؤوليات الشركاء. ويتولى الصندوق البحري لخليج كاليفورنيا مسؤولية إدارة الموارد المالية، بينما يضمن المجلس الوطني لحماية الطبيعة في خليج كاليفورنيا استخدام هذه الموارد في أنشطة الحفظ الاستراتيجية.