Após o registro da MPA de Chumbe em 1994 pelo governo de Zanzibar, o gerenciamento foi confiado ao CHICOP por um período renovável de 10 anos para o Santuário de Recifes (agora em seu terceiro período de renovação). Os planos de gerenciamento definem objetivos, atividades, regulamentos de pesquisa e o que fazer e o que não fazer, tanto para visitantes quanto para funcionários. Somente atividades não consuntivas e não exploratórias são permitidas. A pesquisa é limitada a estudos não extrativistas, e a pesca e a ancoragem não autorizada na MPA são proibidas. O mergulho autônomo só é permitido para pesquisadores e equipes de filmagem de documentários. Para aumentar a capacidade de fiscalização, os guardas-florestais recebem treinamento contínuo em técnicas e processos de vigilância para promover e garantir a conformidade com a MPA. As patrulhas são feitas de barco, a pé e do alto do farol. Os guardas florestais não estão armados e dependem da persuasão dos pescadores e da conscientização. Os relatórios de monitoramento diário compilados são compartilhados com o Departamento de Desenvolvimento da Pesca em Zanzibar. O número de visitantes por dia é restrito e somente barcos organizados pela Chumbe podem levar visitantes à MPA. Bóias de demarcação são instaladas ao longo dos limites da MPA e os níveis de conformidade são altos, com relações positivas com os pescadores locais.