Depuis 2005, les TAAF sont gestionnaires des îles Éparses constituées de l’archipel des Glorieuses, Juan de Nova, Tromelin, Europa et Bassas de India. La majorité d’entre elles se situent dans le canal du Mozambique, exceptée l’île de Tromelin, localisée au nord de la Réunion.

Malgré une faible surface terrestre cumulée (43 km²), l’ensemble des eaux sous juridiction française liées à ces îles représente 6 % du territoire maritime français.

Ces îles présentent un patrimoine naturel régional reconnu mondialement puisqu’elles font partie du Hotspot de Biodiversité de Madagascar et des îles de l’Océan Indien ; Elles sont comprises dans 4 des 320 Aires marines d’importance écologie et biologiques identifiées par la Convention sur la Diversité Biologique ; elles sont reconnues comme des zones clés pour la biodiversité par l’UICN ; certaines sont reconnues comme Zones d’importance pour la conservation des oiseaux identifiées par BirdLife International.

Malgré la présence permanente d'agents de l'environnement TAAF sur ces différentes îles, aucune étude n'avait été menée sur les chiroptères avant le projet Chiropt'îles. Seules quelques mentions de chauves-souris (Genre Mops sp, Taphien de Maurice) ont été recensées sur les îles de Grande Glorieuse, Europa et Juan de Nova.