O programa de Gestão de Áreas Protegidas de Ya'axché realiza o monitoramento de espécies de aves e mamíferos dentro da concessão para rastrear a saúde do ecossistema da vida selvagem e informar a tomada de decisões dentro da concessão.
Por meio do programa de Gerenciamento de Áreas Protegidas da Ya'axché, o monitoramento regular de espécies de pássaros/mamíferos é realizado por meio de armadilhas fotográficas e contagens de pontos pelos guardas florestais da Ya'axché.
O monitoramento é essencial para determinar se a concessão agroflorestal é capaz de sustentar a vida selvagem e a biodiversidade. Um breve estudo piloto foi realizado em 2016 como uma primeira tentativa de documentar a biodiversidade em fazendas agroflorestais baseadas em cacau. Foram escolhidas cinco fazendas de cacau. Quinze das 31 espécies de aves indicadoras foram documentadas nas fazendas. Quatorze espécies de mamíferos, das quais seis são consideradas espécies indicadoras, foram documentadas por meio de armadilhas fotográficas. Isso mostra que a agrossilvicultura sustenta uma gama diversificada de espécies de vida selvagem dentro da reserva.