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Dans le cadre du programme de gestion des zones protégées de Ya'axché, un suivi régulier des espèces d'oiseaux et de mammifères est effectué par le biais de pièges photographiques et de comptages ponctuels effectués par les gardes forestiers de Ya'axché.
Le suivi est essentiel pour déterminer si la concession agroforestière est en mesure de soutenir la faune et la biodiversité. Une courte étude pilote a été menée en 2016 pour tenter de documenter la biodiversité au sein des exploitations agroforestières basées sur le cacao. Cinq exploitations de cacao ont été choisies. Quinze des 31 espèces d'oiseaux indicateurs ont été recensées dans les exploitations. Quatorze espèces de mammifères, dont six sont considérées comme des espèces indicatrices, ont été observées à l'aide de pièges photographiques. Cela montre que l'agroforesterie soutient un éventail diversifié d'espèces sauvages dans la réserve.