Il programma di gestione delle aree protette di Ya'axché effettua il monitoraggio delle specie di uccelli e mammiferi all'interno della concessione per monitorare la salute dell'ecosistema faunistico e informare il processo decisionale all'interno della concessione.
Attraverso il programma di gestione delle aree protette di Ya'axché, viene effettuato un monitoraggio regolare delle specie di uccelli/mammiferi attraverso la cattura con telecamera e il conteggio dei punti da parte dei ranger di Ya'axché.
Il monitoraggio è essenziale per determinare se la concessione agroforestale è in grado di sostenere la fauna selvatica e la biodiversità. Nel 2016 è stato condotto un breve studio pilota come primo tentativo di documentare la biodiversità all'interno delle aziende agroforestali basate sul cacao. Sono state scelte cinque fattorie di cacao. All'interno delle aziende sono state documentate quindici delle 31 specie di uccelli indicatori. Quattordici specie di mammiferi, di cui sei considerate specie indicatrici, sono state documentate attraverso le trappole con telecamera. Ciò dimostra che l'agroforestazione supporta una serie diversificata di specie di fauna selvatica all'interno della riserva.