يدير المزارعون بيئتهم للتخفيف من الاضطرابات، مثل الفيضانات والجفاف والأمراض.
وتتم حماية الغابات والأشجار في مناطق الأراضي الرطبة لتنظيم مستويات المياه. ويتم القيام بممارسات، مثل الحراثة في أوائل الربيع أو استخدام المحاصيل الممرضة أو الأشجار للظل، للحفاظ على رطوبة التربة.
وتتم السيطرة على الآفات والأعشاب الضارة من خلال الزراعة البينية وتناوب المحاصيل في الحقول، ومن خلال الرعي بالتناوب بين أنواع مختلفة، ومن خلال الإزالة اليدوية وحماية أو خلق موائل للأنواع التي تكافح الآفات، مثل الطيور والحشرات.
كما تتم حماية الأشجار البرية والشجيرات والنباتات المزهرة، لا سيما المهمة للملقحات.
إن التواجد في بيئة تتعايش فيها الموائل الطبيعية مع النظام الإيكولوجي الزراعي وتكون محمية يمكّن النظم الإيكولوجية من العمل وتوفير الخدمات للزراعة.
إن حماية خدمات النظم الإيكولوجية الطبيعية وتعزيزها أمر ضروري لنجاح الزراعة في ظل مناخ متغير ومتغير.