Dans le cadre de la mise en oeuvre du nouveau plan de gestion, un comité scientifique se réunira régulièrement pour discuter des aménagements mis en oeuvre sur le site et de l'état de conservation des milieux naturels. L’efficacité d’une gouvernance et gestion concertées et partagées est démontrée sur le site.
Le Comité scientifique rassemble les experts ayant travaillé sur le site, les services compétents de l'Etat et de la commune, etc. Il est ainsi représentatif des acteurs locaux, institutionnels et scientifiques (dans le cadre également du classement du site en Arrêté Préfectoral de Protection de Biotope APPB).
L’efficacité d’une gouvernance et gestion concertées et partagées est démontrée. Par conséquent, aujourd’hui le site est concerné par :
- des travaux de régie via une équipe de gestion propre au Conseil départemental constituée de 7 agents spécialisés sur les travaux en espaces naturels ;
- l'intervention d'entreprises spécialisées en gestion des milieux naturels dans le cadre de marchés publics aux cahiers des charges techniques adaptés aux interventions en espaces naturels sensibles (matériel de fauche adapté aux sols fragiles notamment) ;
- le suivi des aménagements réalisés et de leur efficacité par la réalisation d’études régulières par des cabinets spécialisés ainsi qu’un partage lors du Comité de pilotage du site Natura 2000 « Basse Vallée du Loing » et les réunions du comité scientifique du marais d’Episy.