Existe una estructura que garantiza que el panel esté libre de cualquier influencia externa, ya sea del gobierno, del sector privado, de ONG, de científicos o de la UICN. Los miembros del grupo son libres de llegar a lo que consideren las mejores conclusiones y recomendaciones basadas en los últimos conocimientos científicos disponibles. Pueden expresar libremente sus opiniones y no tienen ningún acuerdo contractual de financiación de la investigación ni de otro tipo con la parte financiadora/contratante ni con ninguna otra empresa que opere en la plataforma de Sajalín (incluidas sus empresas matrices o filiales).
El ámbito de trabajo del panel se basa en una serie de cuestiones específicas y predefinidas sobre conservación y gestión de recursos naturales. Los miembros aportan los conocimientos necesarios desde distintas disciplinas y perspectivas, y se espera que consideren todas las pruebas que se les presentan desde un punto de vista estrictamente técnico o científico.
La independencia del WGWAP es fundamental para que pueda cumplir la función para la que fue creado, y la UICN ayuda a salvaguardar la integridad del panel. En algunas ocasiones, por ejemplo, el panel ha emitido declaraciones públicas de preocupación, cuando lo ha considerado necesario.