El Fondo de Dotación se crea para que los miembros de la Fundación puedan contribuir económicamente a la gestión de la conservación en la isla. También permite invertir capital para generar ingresos a perpetuidad. El superávit al final del ejercicio financiero suele transferirse al fondo de dotación, gestionado por una empresa internacional de inversiones. El rendimiento de la inversión se reinvierte en la dotación o se utiliza para apoyar proyectos medioambientales prioritarios en la isla.
Una constitución que regule la creación del Fondo, directrices operativas que estipulen las normas y procedimientos de gestión del fondo y el uso de los ingresos, así como contribuciones suficientes para generar ingresos de la dotación.
Apoyo a islas con pocos recursos: Algunas islas cuentan con Fundaciones activas en las que las aportaciones económicas cubren sobradamente la gestión de la conservación. Sin embargo, otras Fundaciones con menos actividades económicas, o con hábitats extremadamente sensibles, reciben menos recursos. Por ello, promover la subvención cruzada entre Fundaciones ayudaría a las islas con menos recursos pero con ecosistemas igualmente importantes, además de contribuir a apoyar a las islas afectadas por catástrofes naturales, por ejemplo ciclones.