Le Fonds de dotation est établi pour permettre aux membres de la Fondation de contribuer financièrement à la gestion de la conservation sur l'île. Il permet également d'investir le capital afin de générer un revenu à perpétuité. L'excédent à la fin de l'année financière est généralement transféré dans le fonds de dotation qui est géré par une société d'investissement internationale. Le retour sur investissement est soit réinvesti dans le fonds de dotation, soit utilisé pour soutenir des projets environnementaux prioritaires sur l'île.
Un acte constitutif pour la création du fonds, des lignes directrices opérationnelles stipulant les règles et procédures de gestion du fonds et l'utilisation des recettes, ainsi que des contributions suffisantes pour générer un revenu à partir de la dotation.
Soutenir les îles qui manquent de ressources : Certaines îles ont des fondations actives dont les contributions financières couvrent plus que suffisamment la gestion de la conservation. Cependant, d'autres fondations ayant moins d'activités économiques ou des habitats extrêmement sensibles reçoivent moins de ressources. Par conséquent, la promotion des subventions croisées entre les fondations permettrait de soutenir les îles moins bien dotées en ressources, mais dont les écosystèmes sont tout aussi importants, et de contribuer à soutenir les îles frappées par des catastrophes naturelles, telles que les cyclones.