Il Fondo di dotazione è stato istituito per consentire ai membri della Fondazione di contribuire finanziariamente alla gestione della conservazione dell'isola. Inoltre, consente di investire il capitale per generare un reddito in perpetuo. L'eccedenza alla fine dell'anno finanziario viene solitamente trasferita al fondo di dotazione, gestito da una società di investimento internazionale. Il rendimento degli investimenti viene reintegrato nel fondo di dotazione o utilizzato per sostenere progetti ambientali prioritari sull'isola.
Uno statuto per la creazione del Fondo, linee guida operative che stabiliscano le regole e le procedure di gestione del fondo e l'uso dei proventi, nonché contributi sufficienti a generare un reddito dalla dotazione.
Sostenere le isole con poche risorse: Alcune isole hanno Fondazioni attive in cui i contributi finanziari coprono più che sufficientemente la gestione della conservazione. Tuttavia, altre Fondazioni con minori attività economiche o con habitat estremamente sensibili ricevono meno risorse. Pertanto, la promozione di sovvenzioni incrociate tra le Fondazioni sosterrebbe le isole con minori risorse ma con ecosistemi altrettanto importanti, oltre a contribuire a sostenere le isole colpite da disastri naturali, come i cicloni.