Au cours de la phase 3, les données fournies par le groupe d'experts sont analysées et les lacunes sont identifiées. Une méthodologie spécifique au sanctuaire est élaborée sur la base de cette analyse. Cette méthodologie est adaptée à chaque AMP spécifique, sur la base des données recueillies au cours des phases 1 et 2, ainsi que du retour d'information des gestionnaires et des parties prenantes afin d'évaluer la confiance associée à des techniques d'échantillonnage spécifiques.
Comme pour la phase 1, la charge la plus lourde de la phase 3 incombe au chercheur. Une méthodologie appropriée permet aux chercheurs d'identifier les limites des données existantes et d'illustrer les lacunes qui empêchent les gestionnaires de comprendre pleinement l'utilisation des visiteurs. Une combinaison de jugement d'expert et de retour d'information permet aux chercheurs de déterminer l'utilité de techniques d'échantillonnage spécifiques. La modélisation des sources de données existantes dans un cadre qui attribue un degré de confiance à chaque source permet de créer un point de départ pour les chiffres de fréquentation, sur lequel on peut s'appuyer dans les itérations ultérieures.
Au cours de la phase 3, les chercheurs ont compilé les données partagées par les différentes parties prenantes. Pour Gray's Reef, les données ont été synthétisées et évaluées afin de comprendre la corrélation entre la confiance des parties prenantes dans les données. En utilisant une échelle de confiance en 10 points, les perceptions des parties prenantes sur leur confiance dans les données ont été tabulées. L'étude du panel a révélé que les données sur le nombre de visiteurs étaient collectées par de multiples agences (c'est-à-dire NOAA, U.S. Coast Guard, GADNR) et sources, y compris satellite, radar de bateau, bouée intelligente, patrouilles sur site, et hydrophones sous-marins. Cette ampleur des données n'a été possible qu'en suivant le processus NMS-COUNT, car les données sont apparues au cours des deuxième et troisième phases du processus. Le processus NMS-COUNT a aidé toutes les personnes impliquées dans la gestion des visites à collaborer et à comprendre les types de données collectées par de multiples agences. Le processus a également facilité l'intégration de multiples sources de données afin de fournir une compréhension plus complète de la fréquentation du Sanctuaire.