En la fase 3, se analizan los datos procedentes de las aportaciones del panel de expertos y se identifican las lagunas. A partir de este análisis, se diseña una metodología específica para el santuario. Esta metodología se adapta a cada entorno específico de AMP, basándose en los datos recopilados en las Fases 1 y 2, así como en los comentarios de los gestores y las partes interesadas para evaluar la confianza asociada a técnicas de muestreo específicas.
Al igual que en la Fase 1, la mayor carga de la Fase 3 recae sobre el investigador. Una metodología adecuada permite a los investigadores identificar los límites de los datos existentes e ilustrar las lagunas que impiden a los gestores comprender plenamente el uso que hacen los visitantes. Una combinación de juicio experto y retroalimentación permite a los investigadores determinar la utilidad de técnicas de muestreo específicas. La modelización de las fuentes de datos existentes dentro de un marco que asigna confianza a cada fuente ayuda a crear un punto de partida para las cifras de frecuentación sobre el que se puede construir en iteraciones posteriores.
En la Fase 3, los investigadores recopilaron los datos compartidos por todas las partes interesadas. En el caso de Gray's Reef, los datos se sintetizaron y evaluaron para comprender la correlación en la confianza en los datos por parte de los interesados. Utilizando una escala de confianza de 10 puntos, se tabularon las percepciones de las partes interesadas sobre su confianza en los datos. El estudio del panel reveló que los datos sobre el recuento de visitantes estaban siendo recogidos por múltiples organismos (es decir, la NOAA, la Guardia Costera de EE.UU., la GADNR) y fuentes que incluían satélites, radares de embarcaciones, boyas inteligentes, patrullas in situ e hidrófonos submarinos. Esta amplitud de datos sólo se consiguió siguiendo el proceso NMS-COUNT, ya que los datos surgieron durante la segunda y tercera fases del proceso. El proceso NMS-COUNT ayudó a todos los implicados en la gestión de las visitas a colaborar y comprender los tipos de datos que se recogían en los distintos organismos. El proceso también facilitó la integración de múltiples fuentes de datos para proporcionar una comprensión más completa de las visitas al Santuario.