Outre le patrimoine culturel désigné en vertu de la loi sur la protection des biens culturels appliquée par l'Agence des affaires culturelles, le bien contient des zones conformes au parc national de Yoshino-Kumano dont l'administration est confiée au ministère de l'Environnement et aux trois préfectures qui y sont rattachées : Wakayama, Nara et Mie, et leurs autorités locales. Le Conseil des trois préfectures pour les sites sacrés et les chemins de pèlerinage de la chaîne montagneuse de Kii, inscrits au patrimoine mondial, a d'abord été créé pour poursuivre la proposition d'inscription sur la Liste du patrimoine mondial et, après l'inscription, il est chargé de coordonner les actions de conservation et d'élaborer le plan de gestion. Les gouverneurs des trois préfectures en sont les présidents et vice-présidents, tandis que les maires et les responsables de l'éducation des municipalités en sont les membres. L'Agence des affaires culturelles y participe en tant qu'observateur. La protection des biens culturels est assurée en collaboration avec le département de la protection des biens culturels et du développement régional de chaque préfecture et le responsable de la municipalité. En outre, le Conseil est conseillé par un comité scientifique composé d'experts de plusieurs domaines.