Además de contener patrimonio cultural designado en virtud de la Ley de Protección de Bienes Culturales aplicada por la Agencia de Asuntos Culturales, la propiedad contiene zonas que conforman el Parque Nacional de Yoshino-Kumano, cuya administración está a cargo del Ministerio de Medio Ambiente y las tres prefecturas que están relacionadas con él: Wakayama, Nara y Mie, y sus autoridades locales. El Consejo de las Tres Prefecturas para los Lugares Sagrados y Rutas de Peregrinación de la Cordillera de Kii, Patrimonio de la Humanidad, se creó en primer lugar para tramitar la candidatura a la Lista del Patrimonio Mundial y, tras la inscripción, se encarga de coordinar las acciones de conservación y desarrollar el plan de gestión. Los gobernadores de las tres prefecturas actúan como presidente y vicepresidente, mientras que los alcaldes y directores de educación de los municipios son miembros del consejo. La Agencia de Asuntos Culturales participa en calidad de observador. La protección de los bienes culturales se lleva a cabo en cooperación con el departamento de protección de bienes culturales y desarrollo regional de cada prefectura y el responsable del municipio. Además, el Consejo cuenta con el asesoramiento de un comité científico formado por expertos de diversos campos.
El gran interés de las tres prefecturas y del gobierno por inscribir el paisaje cultural de los Montes Kii en la Lista del Patrimonio Mundial permitió establecer una asociación entre las prefecturas y las instituciones gubernamentales encargadas de la conservación para desarrollar y proseguir la candidatura.
De acuerdo con las recomendaciones del Comité del Patrimonio Mundial en el momento de la inscripción, las tres prefecturas formularon un plan integral de gestión de la conservación y establecieron un sistema en el que los tres consejos prefecturales asumen el liderazgo de la conservación y la gestión. Este sistema tuvo una gran repercusión en la forma en que varias prefecturas de Japón propusieron otros sitios para su inscripción en la Lista del Patrimonio Mundial y gestionaron su conservación, como Fujisan, lugar sagrado y fuente de inspiración artística (el monte Fuji).