Neben dem kulturellen Erbe, das nach dem Gesetz zum Schutz von Kulturgütern, das von der Kulturbehörde durchgesetzt wird, ausgewiesen ist, umfasst das Gebiet auch Gebiete, die dem Yoshino-Kumano-Nationalpark entsprechen, für dessen Verwaltung das Umweltministerium und die drei zugehörigen Präfekturen zuständig sind: Wakayama, Nara und Mie, sowie deren lokale Behörden. Der Rat der drei Präfekturen für die heiligen Stätten und Pilgerwege des Welterbes im Kii-Gebirge wurde zunächst gegründet, um die Nominierung für die Liste des Welterbes voranzutreiben, und nach der Eintragung ist er für die Koordinierung der Erhaltungsmaßnahmen und die Ausarbeitung des Managementplans zuständig. Die Gouverneure der drei Präfekturen fungieren als Vorsitzende und stellvertretende Vorsitzende, während die Bürgermeister und Schulleiter der Gemeinden als Mitglieder des Rates fungieren. Die Agentur für kulturelle Angelegenheiten nimmt als Beobachter teil. Der Schutz von Kulturgütern erfolgt in Zusammenarbeit mit der Abteilung für Kulturgüterschutz und Regionalentwicklung der jeweiligen Präfektur und dem Verantwortlichen der Gemeinde. Darüber hinaus wird der Rat von einem wissenschaftlichen Ausschuss beraten, der sich aus Experten verschiedener Bereiche zusammensetzt.
Das starke Interesse der drei Präfekturen und der Regierung an der Eintragung der Kulturlandschaft des Kii-Gebirges in die Liste des Welterbes ermöglichte den Aufbau einer Partnerschaft zwischen den Präfekturen und den für die Erhaltung zuständigen staatlichen Institutionen, um die Nominierung zu entwickeln und voranzutreiben.
In Übereinstimmung mit den Empfehlungen des Welterbekomitees zum Zeitpunkt der Eintragung haben die drei Präfekturen einen umfassenden Managementplan für die Erhaltung formuliert und ein System eingeführt, bei dem die drei Präfekturräte die Führung bei der Erhaltung und Verwaltung übernehmen. Dieses System hatte einen großen Einfluss auf die Art und Weise, wie mehrere Präfekturen in Japan andere Stätten für die Eintragung in die Welterbeliste nominierten und deren Erhaltung verwalteten, wie z. B. Fujisan, heiliger Ort und Quelle künstlerischer Inspiration (Berg Fuji).