Selain berisi warisan budaya yang ditetapkan berdasarkan Undang-Undang Perlindungan Properti Budaya yang diberlakukan oleh Badan Urusan Kebudayaan, properti ini juga berisi area yang sesuai dengan Taman Nasional Yoshino-Kumano yang secara administratif berada di bawah tanggung jawab Kementerian Lingkungan Hidup dan tiga prefektur yang terkait: Wakayama, Nara dan Mie, serta pemerintah daerahnya. Dewan Tiga Prefektur untuk Situs Suci Warisan Dunia dan Rute Ziarah di Pegunungan Kii, pertama kali dibentuk untuk mengejar nominasi ke Daftar Warisan Dunia, dan setelah prasasti, dewan ini bertanggung jawab untuk mengoordinasikan tindakan konservasi dan mengembangkan rencana pengelolaan. Gubernur dari tiga prefektur menjabat sebagai ketua dan wakil ketua, sementara walikota dan kepala pendidikan kotamadya menjabat sebagai anggota dewan. Badan Urusan Kebudayaan berpartisipasi sebagai pengamat. Perlindungan properti budaya dilakukan melalui kerja sama dengan departemen perlindungan properti budaya dan pembangunan daerah masing-masing prefektur dan penanggung jawab kotamadya. Selain itu, Dewan ini juga mendapat nasihat dari komite ilmiah yang terdiri dari para ahli dari berbagai bidang.
Minat yang kuat dari ketiga prefektur dan pemerintah untuk memasukkan lanskap budaya Pegunungan Kii ke dalam Daftar Warisan Dunia memungkinkan terbentuknya kemitraan antara prefektur dan lembaga pemerintah yang bertanggung jawab atas konservasi untuk mengembangkan dan mengupayakan pencalonan tersebut.
Sesuai dengan rekomendasi Komite Warisan Dunia pada saat prasasti tersebut dibuat, ketiga prefektur merumuskan rencana pengelolaan konservasi yang komprehensif dan membentuk sistem di mana tiga dewan prefektur memimpin dalam konservasi dan pengelolaan. Sistem ini memiliki dampak besar pada cara di mana beberapa prefektur di Jepang menominasikan situs-situs lain untuk dimasukkan ke dalam Daftar Warisan Dunia dan mengelola konservasinya seperti Fujisan, tempat suci dan sumber inspirasi artistik (Gunung Fuji).