Além de conter patrimônio cultural designado de acordo com a Lei de Proteção de Bens Culturais aplicada pela Agência de Assuntos Culturais, a propriedade contém áreas que fazem parte do Parque Nacional Yoshino-Kumano, cuja administração está a cargo do Ministério do Meio Ambiente e das três prefeituras relacionadas a ele: Wakayama, Nara e Mie, e suas autoridades locais. O Conselho das Três Prefeituras para os Locais Sagrados e Rotas de Peregrinação da Cordilheira de Kii, Patrimônio da Humanidade, foi criado inicialmente para buscar a nomeação para a Lista do Patrimônio da Humanidade e, após a inscrição, está encarregado de coordenar as ações de conservação e desenvolver o plano de gerenciamento. Os governadores das três prefeituras atuam como presidentes e vice-presidentes, enquanto os prefeitos e diretores de educação dos municípios atuam como membros do conselho. A Agência de Assuntos Culturais participa como observadora. A proteção de propriedades culturais é realizada em cooperação com o departamento de proteção de propriedades culturais e desenvolvimento regional de cada prefeitura e com a pessoa responsável pelo município. Além disso, o Conselho é assessorado por um comitê científico composto por especialistas de diversas áreas.
O grande interesse das três prefeituras e do governo em inscrever a paisagem cultural das Montanhas Kii na Lista do Patrimônio Mundial possibilitou o estabelecimento de uma parceria entre as prefeituras e as instituições governamentais responsáveis pela conservação, a fim de desenvolver e prosseguir com a candidatura.
De acordo com as recomendações do Comitê do Patrimônio Mundial na época da inscrição, as três prefeituras formularam um plano abrangente de gerenciamento da conservação e estabeleceram um sistema no qual os três conselhos da prefeitura assumem a liderança na conservação e no gerenciamento. Esse sistema teve um grande impacto na forma como várias prefeituras do Japão indicaram outros locais para inscrição na Lista do Patrimônio Mundial e gerenciaram sua conservação, como o Fujisan, local sagrado e fonte de inspiração artística (Monte Fuji).