Oltre a contenere il patrimonio culturale designato ai sensi della Legge per la protezione dei beni culturali applicata dall'Agenzia per gli Affari Culturali, la proprietà contiene aree conformi al Parco Nazionale Yoshino-Kumano, la cui amministrazione è affidata al Ministero dell'Ambiente e alle tre prefetture ad esso collegate: Wakayama, Nara e Mie, e le loro autorità locali. Il Consiglio delle tre prefetture per i siti sacri e le vie di pellegrinaggio della catena montuosa di Kii, Patrimonio dell'Umanità, è stato istituito per perseguire la candidatura alla Lista del Patrimonio dell'Umanità e, dopo l'iscrizione, è incaricato di coordinare le azioni di conservazione e sviluppare il piano di gestione. I governatori delle tre prefetture ricoprono il ruolo di presidente e vicepresidente, mentre i sindaci e i direttori didattici dei comuni sono membri del consiglio. L'Agenzia per gli Affari Culturali partecipa come osservatore. La protezione dei beni culturali è realizzata in collaborazione con il dipartimento per la protezione dei beni culturali e lo sviluppo regionale di ciascuna prefettura e con il responsabile del comune. Inoltre, il Consiglio si avvale della consulenza di un comitato scientifico composto da esperti di diversi settori.
Il forte interesse delle tre prefetture e del governo per l'iscrizione del paesaggio culturale dei Monti Kii nella Lista del Patrimonio Mondiale ha permesso di creare una partnership tra le prefetture e le istituzioni governative incaricate della conservazione per sviluppare e portare avanti la candidatura.
In conformità con le raccomandazioni del Comitato del Patrimonio Mondiale al momento dell'iscrizione, le tre prefetture hanno formulato un piano globale di gestione della conservazione e hanno istituito un sistema in cui i tre consigli prefettizi assumono la guida della conservazione e della gestione. Questo sistema ha avuto un forte impatto sul modo in cui diverse prefetture giapponesi hanno candidato altri siti all'iscrizione nella Lista del Patrimonio Mondiale e ne hanno gestito la conservazione, come il Fujisan, luogo sacro e fonte di ispirazione artistica (Monte Fuji).