Naast cultureel erfgoed dat is aangewezen onder de Wet op de Bescherming van Cultureel Eigendom die wordt uitgevoerd door het Agentschap voor Culturele Zaken, bevat het landgoed gebieden die voldoen aan het Yoshino-Kumano Nationaal Park, waarvan het beheer in handen is van het Ministerie van Milieu en de drie prefecturen die ermee verbonden zijn: Wakayama, Nara en Mie, en hun lokale overheden. De Three Prefectures' Council for the World Heritage Sacred Sites and Pilgrimage Routes in the Kii Mountain Range werd eerst opgericht om de nominatie op de Werelderfgoedlijst te bewerkstelligen, en na de inschrijving is deze raad belast met het coördineren van instandhoudingsacties en het ontwikkelen van het managementplan. De gouverneurs van de drie prefecturen zijn voorzitter en vicevoorzitter, terwijl de burgemeesters en onderwijshoofden van de gemeenten lid zijn van de raad. Het Agentschap voor Culturele Zaken neemt deel als waarnemer. De bescherming van culturele eigendommen wordt uitgevoerd in samenwerking met het departement voor de bescherming van culturele eigendommen en regionale ontwikkeling van elke prefectuur en de verantwoordelijke van de gemeente. Daarnaast wordt de raad geadviseerd door een wetenschappelijk comité dat bestaat uit deskundigen uit verschillende vakgebieden.
De grote belangstelling van de drie prefecturen en de regering om het cultuurlandschap van het Kii gebergte op de Werelderfgoedlijst te plaatsen, maakte het mogelijk een partnerschap op te richten tussen de prefecturen en de overheidsinstellingen die belast zijn met het behoud om de nominatie te ontwikkelen en voort te zetten.
In overeenstemming met de aanbevelingen van het Werelderfgoedcomité ten tijde van de inschrijving, stelden de drie prefecturen een uitgebreid conserveringsbeheerplan op en zetten ze een systeem op waarin de drie prefectorale raden de leiding nemen bij het conserveren en beheren. Dit systeem had een grote invloed op de manier waarop verschillende prefecturen in Japan andere sites nomineerden voor inschrijving op de Werelderfgoedlijst en het behoud ervan beheerden, zoals Fujisan, heilige plaats en bron van artistieke inspiratie (de berg Fuji).