Помимо объектов культурного наследия, указанных в Законе о защите культурных ценностей, который исполняется Агентством по делам культуры, здесь находятся территории, соответствующие Национальному парку Ёсино-Кумано, за управление которым отвечают Министерство охраны окружающей среды и три префектуры, относящиеся к нему: Вакаяма, Нара и Миэ, а также их местные власти. Совет трех префектур по святым местам и паломническим маршрутам горного хребта Кии, внесенным в Список всемирного наследия, был создан сначала для того, чтобы добиваться их включения в Список всемирного наследия, а после включения в него он отвечает за координацию действий по сохранению и разработку плана управления. Председателем и заместителем председателя совета являются губернаторы трех префектур, а членами совета - мэры и главы управлений образования муниципалитетов. Агентство по делам культуры участвует в работе совета в качестве наблюдателя. Защита культурных ценностей осуществляется в сотрудничестве с департаментом по защите культурных ценностей и региональному развитию каждой префектуры и ответственным лицом муниципалитета. Кроме того, совет консультирует научный комитет, состоящий из экспертов в различных областях.
Сильная заинтересованность трех префектур и правительства во включении культурного ландшафта гор Кии в Список всемирного наследия позволила установить партнерские отношения между префектурами и государственными учреждениями, отвечающими за сохранение наследия, с целью разработки и продвижения номинации.
В соответствии с рекомендациями Комитета всемирного наследия на момент включения объекта в список, три префектуры разработали комплексный план управления сохранением и создали систему, в которой три префектурных совета играют ведущую роль в сохранении и управлении. Эта система оказала большое влияние на то, как несколько префектур Японии выдвинули другие объекты для включения в Список всемирного наследия и управляли их сохранением, например Фудзисан, священное место и источник художественного вдохновения (гора Фудзи).