除了根据文化厅实施的《文化财产保护法》指定的文化遗产外，该遗产地还包含符合吉野熊野国家公园的区域，该公园由环境省和与其相关的三个县负责管理：和歌山、奈良、三重三县及其地方当局负责管理。纪伊山地世界遗产圣地和朝圣之路三都道府县协议会最初是为申报世界遗产而成立的，申报后负责协调保护行动和制定管理计划。三个都道府县的知事担任理事会的主席和副主席，各市町村的市长和教育部长担任理事会成员。文化事务局作为观察员参与其中。此外，一个由多个领域的专家组成的科学委员会也为理事会提供建议。