La belleza del paisaje submarino y la riqueza biótica del Santuario, lo convierten en un destino ideal para el buceo especializado recreativo y el avistamiento de aves y mamíferos, con un promedio de 500 visitantes anuales entre 2023 y 2024. Actualmente, tres operadores turísticos prestan servicios en las embarcaciones y acompañan al visitante durante sus inmersiones.
Para garantizar que estas actividades se realicen de manera segura y no causen presiones, el equipo del área protegida y la BCC trabajan con los operadores a través de charlas, acompañamiento de embarcaciones turísticas, verificación de buenas prácticas y manejo de residuos sólidos.
Adicionalmente, se tiene firmado el “Pacto por la conservación del Santuario de Fauna y Flora Malpelo”, un acuerdo que busca apoyar la implementación del Plan de Ordenamiento Ecoturístico. Este pacto establece el cumplimiento de la reglamentación de buceo, el uso de equipos y medidas de seguridad. También compromete a los operadores a entregar informes de las expediciones, facilitar el transporte de guardaparques e investigadores y apoyar la implementación del programa de monitoreo, el portafolio de investigaciones y acciones de educación ambiental. De esta manera, se gestionan los posibles conflictos por el uso en el Santuario y se fortalecen las alianzas con el sector turístico.