Tout au long du processus de désignation des lieux sacrés des monts Kii comme patrimoine culturel et patrimoine naturel (dans le cadre d'un parc national), puis de leur inclusion dans la réserve de biosphère, pour finalement faire partie du bien du patrimoine mondial, les organismes religieux se sont vus officiellement accorder leur protection et leur gestion selon les connaissances traditionnelles transmises depuis des siècles, fondées sur des croyances religieuses et des valeurs sacrées. Par exemple, en raison de leur caractère sacré, les forêts vierges ont été conservées avec des interdictions strictes d'abattage par les différentes communautés religieuses. Les paysages montagneux sont interprétés comme des "mandalas" matérialisés par les bouddhistes Shingon, et les pratiquants du Shugendo reproduisent des "mandalas" en effectuant des pèlerinages et en pratiquant leurs pratiques ascétiques dans ces environnements naturels. Pour les pèlerins, les monts Kii représentent le paradis sur terre. Un autre exemple est la forêt sacrée de Nachi qui a été désignée comme "monument naturel" en vertu de la loi sur la protection des biens culturels, et dont la gestion a été confiée au sanctuaire shintoïste de Kumano Nachi, dans le cadre de son lieu sacré. La cascade de Nachi est considérée comme sacrée. Cela signifie que les eaux sacrées ne peuvent être ni touchées ni détournées.