Duranto todo el proceso a través del cual lugares sagrados en las montañas Kii fueron designados como patrimonio cultural y patrimonio natural (como parte de un parque nacional), y luego incluidos en la Reserva de la Biosfera, para finalmente formar parte del bien de Patrimonio Mundial, se concedió a los cuerpos religiosos oficialmente su protección y gestión siguiendo los conocimientos tradicionales transmitidos durante siglos, basados ​​en creencias religiosas y valores sagrados. Por ejemplo, debido a su carácter sagrado, los bosques primitivos se han conservado bajo estrictas prohibiciones de tala por parte de las diferentes comunidades religiosas. Los paisajes montañosos son interpretados como "mandalas" materializados por los budistas Shingon, y los practicantes de Shugendo reproducen los "mandalas" haciendo peregrinaciones y realizando sus prácticas ascéticas en estos entornos naturales. Para los peregrinos, las montañas Kii representan el paraíso en la tierra. Otro ejemplo es el bosque sagrado de Nachi que ha sido designado como “monumento natural” por la Ley de Protección de los Bienes Culturales, y el manejo lo ha hecho el santuario sintoísta Kumano Nachi, como parte de su lugar sagrado. La cascada de Nachi se considera sagrada. Esto significa que las aguas sagradas no se pueden tocar ni desviar.