A lo largo de todo el proceso de designación de los lugares sagrados de las montañas Kii como patrimonio cultural y natural (como parte de un parque nacional), y su posterior inclusión en la Reserva de la Biosfera, para finalmente formar parte de los bienes del Patrimonio Mundial, se concedió oficialmente a las entidades religiosas su protección y gestión siguiendo los conocimientos tradicionales transmitidos durante siglos, basados en creencias religiosas y valores sagrados. Por ejemplo, debido a su carácter sagrado, los bosques primigenios han sido conservados bajo estrictas prohibiciones de tala por las diferentes comunidades religiosas. Los paisajes montañosos son interpretados como "mandalas" materializados por los budistas Shingon, y los practicantes de Shugendo reproducen los "mandalas" peregrinando y realizando sus prácticas ascéticas en estos entornos naturales. Para los peregrinos, las montañas Kii representan el paraíso en la tierra. Otro ejemplo es el bosque sagrado de Nachi, que ha sido designado "monumento natural" en virtud de la Ley de Protección de Bienes Culturales, y cuya gestión ha corrido a cargo del santuario sintoísta de Kumano Nachi, como parte de su lugar sagrado. La cascada de Nachi se considera sagrada. Esto significa que las aguas sagradas no pueden tocarse ni desviarse.