Beberapa analisis biaya-manfaat memberikan wawasan tentang pertukaran utama antara sistem pertanian yang berbeda. Sebagai kompensasi bagi petani yang telah melestarikan dan memulihkan jasa ekosistem dataran banjir, mereka menerima dukungan untuk menutupi biaya transisi ke pertanian berbasis banjir dan menahan tekanan untuk mengubah area tanggul rendah tambahan menjadi zona kontrol tertutup dengan tanggul tinggi yang akan mengecualikan lahan tersebut dari banjir. Di beberapa daerah, model hibrida digunakan, dengan tanggul rendah yang mengendalikan waktu kedatangan/resesi banjir untuk mendukung penanaman dua kali tanam dan penanaman berbasis banjir (alih-alih tanaman padi ketiga secara tradisional). Dalam kasus sistem pertanian teratai, pertanian berbasis banjir memungkinkan diversifikasi kegiatan, termasuk beternak ikan, ekowisata, dan peluang rekreasi.
Sebuah studi kelayakan mengungkapkan bahwa beberapa ratus ribu petani dan sejumlah kota di hilir akan mendapatkan keuntungan finansial dari banjir jika pertanian berbasis banjir musiman diterapkan. Selain itu, analisis biaya-manfaat dilakukan terhadap profitabilitas tanaman berbasis banjir dan sistem tanam secara keseluruhan dibandingkan dengan penanaman padi tunggal.
Di masa depan, rantai nilai, terutama untuk produksi beras, perlu dipertimbangkan secara lebih rinci untuk mendukung model pertanian berbasis banjir yang baru dan mendapatkan dukungan dari eksportir beras. Pertimbangan rantai nilai akan memastikan kelayakan ekonomi model mata pencaharian berbasis banjir dan memberikan insentif untuk penerapannya. Melalui konsultasi dan analisis pembelajaran, akses pasar dan kurangnya pengembangan rantai nilai diidentifikasi sebagai tantangan terbesar untuk meningkatkan pertanian berbasis banjir. Hal ini telah diperhitungkan dalam rancangan proyek Dana Iklim Hijau di masa depan.