Program MAR Leadership berupaya untuk menginkubasi ide-ide proyek baru menjadi proyek yang berpotensi untuk direplikasi (peningkatan skala) di sepanjang Ekoregion Terumbu Karang Mesoamerika. Proyek-proyek ini dikembangkan untuk menunjukkan dampak konservasi yang jelas dan terukur dalam jangka waktu 3 - 5 tahun. Setiap kelompok memiliki fokus tematik yang terkait dengan kebutuhan konservasi di wilayah tersebut. Sebagai contoh, pada tahun 2010, proyek-proyek para fellows berfokus pada pengembangan pesisir dan pariwisata; pada tahun 2011 pada perikanan berkelanjutan dan pembentukan Kawasan Konservasi Perairan (KKP); pada tahun 2012 pada pembentukan jaringan cagar alam laut multifungsi; pada tahun 2014 pada pengelolaan sampah terpadu dan pada tahun 2015 pada konservasi dan valuasi ekonomi dari jasa ekosistem bakau.