MAR リーダーシップ・プログラムは、新しいプロジェクトのアイデアを、メソアメリカン・リーフ・エコリージョンに沿った複製（スケールアップ）の可能性のあるプロジェクトへと発展させることを目的としています。これらのプロジェクトは、3年から5年の間に明確で測定可能な保全効果を示すよう開発されます。各コホートは、その地域の保全ニーズに関連したテーマに焦点を当てている。例えば、2010年は沿岸開発と観光、2011年は持続可能な漁業と海洋保護区（MPA）の設置、2012年は多機能海洋保護区のネットワーク構築、2014年は統合廃棄物管理、2015年はマングローブの生態系サービスの保全と経済的評価、といった具合である。