Het planningsproces voor het gebruik van het Milieufonds begint wanneer de VSLA aan het begin van hun volgende cyclus hun statuten en huishoudelijk reglement (CBL) herzien en bijwerken. Breed gedefinieerde doelen worden omgezet in specifieke toepassingen, waarbij bestaande beheerplannen worden gebruikt als 'boodschappenlijst' van interventies die het EF kan ondersteunen.