A abordagem de avaliação da vulnerabilidade permite encontrar os maiores problemas nas bacias hidrográficas. Para essa avaliação, a abordagem foi baseada na GIWA (Global International Water Assessment Methodology) e no HSAP (Hydropower Sustainability Assessment Protocol) e segue uma abordagem de 6 etapas, incluindo as seguintes: 1) dimensionamento geográfico (mapeamento de pontos críticos) define os limites geográficos das áreas-piloto a serem analisadas; as sub-regiões são identificadas dentro de cada área do projeto e as principais características do sistema hidrelétrico e as atividades econômicas são mapeadas; 2) definição do escopo por meio da avaliação dos impactos ambientais e socioeconômicos e do estabelecimento de prioridades entre as principais preocupações e problemas, bem como da identificação dos fatores causais por trás das preocupações e problemas selecionados; 3) coleta de dados; 4) modelagem para verificação e quantificação das relações de causa-raiz com modelos fisicamente determinísticos ou conceituais, abrangendo a) modelagem hidrológica com o software TalsimNG, b) modelagem de erosão e sedimentação com a Equação de Perda de Solo Uniforme Modificada (MUSLE), c) modelagem da qualidade da água com o software GISMO; 5) avaliação para identificar riscos e incertezas e priorizar vulnerabilidades; 6) identificação e classificação de possíveis medidas de EBA.