Os sistemas de apoio à decisão (DSS) ou ferramentas analíticas, como o Marxan ou o SeaSketch, são frequentemente promovidos como um pré-requisito para o planejamento espacial marinho eficaz, fornecendo uma solução rápida e confiável para um problema de planejamento. É natural que os usuários de DSS esperem que o uso do DSS gere "a resposta" e, portanto, forneça a solução para o seu problema de planejamento. Na maioria das vezes, o DSS produz resultados simplistas que precisam ser modificados com o uso de outros métodos de planejamento. Todas as ferramentas de DSS têm limitações e não podem compensar dados ausentes ou incompletos. Elas podem produzir efeitos colaterais não intencionais e, muitas vezes, não conseguem corresponder à complexidade dos problemas de planejamento do mundo real. Os resultados do planejamento têm pouco valor prático se os valores sociais, culturais e econômicos não forem considerados. No entanto, raramente esses dados estão disponíveis em uma forma que possa ser alterada para um DSS ou em uma resolução espacial adequada. No GBR, o DSS gerou uma "pegada" de várias opções de zonas de "não captura", mas não foi capaz de atender aos oito tipos de zonas, portanto, outros métodos de planejamento precisaram ser aplicados. No entanto, o benefício real foi a capacidade de gerar métricas para informar o desenvolvimento da melhor rede possível de zoneamento de não captura.
O Marxan foi desenvolvido pela Universidade de Queensland como uma versão modificada do SPEXAN para atender às necessidades da GBRMPA durante o Programa de Áreas Representativas e o desenvolvimento do Plano de Zoneamento de 2003. As imagens abaixo mostram que o Marxan não produziu a rede de zoneamento final no GBR, mas forneceu um apoio inestimável à decisão por meio da contabilidade post-hoc de várias opções, permitindo uma avaliação rápida das implicações de cada opção em termos de cada um dos objetivos de planejamento.
Na realidade, um DSS não pode realizar o ajuste de escala fina e as compensações políticas que inevitavelmente ocorrem nos estágios finais do planejamento, portanto, nunca poderá produzir a solução pragmática final para qualquer tarefa de planejamento. Algumas deficiências do DSS são: