وغالبا ما يتم الترويج لنظم دعم اتخاذ القرار أو الأدوات التحليلية، مثل ماركسان أو سي سكتش، كشرط مسبق للتخطيط المكاني البحري الفعال، مما يوفر حلا سريعا وموثوقا لمشكلة التخطيط. ومن الطبيعي أن يأمل مستخدمو نظام دعم التنمية المستدامة في أن يؤدي استخدام نظام دعم التنمية المستدامة إلى توليد "الإجابة" وبالتالي توفير الحل لمشكلة التخطيط. وفي أغلب الأحيان، تنتج نظم دعم التنمية المستدامة نتائج مبسطة تحتاج إلى تعديلها باستخدام أساليب تخطيط أخرى. جميع أدوات نظم دعم التنمية المستدامة لها قيود ولا يمكنها تعويض البيانات المفقودة أو غير المكتملة. يمكن أن تنتج آثارًا جانبية غير مقصودة وغالبًا ما تكون غير قادرة على مطابقة تعقيد مشاكل التخطيط في العالم الحقيقي. تكون نتائج التخطيط ذات قيمة عملية ضئيلة إذا لم يتم أخذ القيم الاجتماعية والثقافية والاقتصادية في الاعتبار - ولكن نادرًا ما تكون هذه البيانات متاحة بسهولة في شكل قابل للتعديل في نظام دعم التنمية المستدامة أو في دقة مكانية مناسبة. في منطقة غريت غرايسلاند ريفيو، أنتج نظام DSS "بصمة" لمختلف خيارات مناطق "عدم الاستيلاء"، لكنه لم يتمكن من تلبية أنواع المناطق الثمانية، لذلك كان من الضروري تطبيق طرق تخطيط أخرى. إلا أن الفائدة الحقيقية تمثلت في القدرة على توليد مقاييس للاسترشاد بها في تطوير أفضل شبكة ممكنة لتقسيم المناطق المحظور صيدها.
وقد طورت جامعة كوينزلاند برنامج ماركسان كنسخة معدلة من برنامج SPEXAN لتلبية احتياجات الهيئة العامة للمناطق البحرية والثروة السمكية في بريطانيا خلال برنامج المناطق التمثيلية وتطوير خطة تقسيم المناطق لعام 2003. وتوضح الصور أدناه أن ماركسان لم ينتج شبكة التقسيم النهائية للمناطق في منطقة خليج غينيا الاستوائية ولكنه قدم دعمًا لا يقدر بثمن لاتخاذ القرار من خلال المحاسبة اللاحقة لمختلف الخيارات، مما أتاح إجراء تقييم سريع للآثار المترتبة على كل خيار من حيث كل هدف من أهداف التخطيط.
في الواقع، لا يمكن لنظام دعم التنمية المستدامة أن يقوم بالضبط الدقيق والمقايضات السياسية التي تحدث حتماً في المراحل النهائية للتخطيط، لذلك لا يمكن أن ينتج الحل العملي النهائي لأي مهمة تخطيط. بعض أوجه القصور في نظام دعم التنمية المستدامة هي
- قد لا يمكن تطبيق بعض معلومات التخطيط، خاصة البيانات الاجتماعية والاقتصادية، بسهولة في نظام دعم التنمية المستدامة.
- في حين أن نظام دعم التنمية المستدامة قد يولد "حلاً"، إلا أنه لا مفر من تنقيحه إذا/عندما يتم إدخال قيم اجتماعية واقتصادية. وغالباً ما تكون هذه القيم غير ممثلة في البيانات، إلا أنها غالباً ما تكون من أهم القيم الأساسية لنتيجة مقبولة اجتماعياً.
- ستؤدي البيانات الرديئة دائمًا إلى نتيجة رديئة.
- من غير المرجح أن تلبي معظم أدوات نظام دعم التنمية المستدامة المعاصرة جميع احتياجات المستخدم؛ ففي برنامج تخطيط الموارد الطبيعية في بريطانيا حتى "القواعد" البسيطة مثل "يجب ألا تقل جميع المحميات عن ..." لم يكن من الممكن تنفيذها مباشرة بواسطة نظام دعم التنمية المستدامة.
- يشعر بعض أصحاب المصلحة بالقلق من نماذج "الصندوق الأسود" أو نظم دعم التنمية المستدامة (مثل ماركسان أو سيكش) التي لا يفهمونها.