Marxan ya da SeaSketch gibi karar destek sistemleri (KDS) ya da analitik araçlar, bir planlama sorununa hızlı ve güvenilir bir çözüm sağlayarak etkili bir deniz mekansal planlaması için genellikle bir ön koşul olarak tanıtılmaktadır. KDS kullanıcılarının, KDS'yi kullanmanın 'cevabı' üreteceğini ve dolayısıyla planlama sorunlarına çözüm sağlayacağını ummaları doğaldır. Çoğu zaman, KDS'ler diğer planlama yöntemleri kullanılarak değiştirilmesi gereken basit sonuçlar üretir. Tüm KDS araçlarının sınırlamaları vardır ve eksik ya da yetersiz verileri telafi edemezler. İstenmeyen yan etkiler üretebilirler ve genellikle gerçek dünyadaki planlama sorunlarının karmaşıklığıyla eşleşemezler. Sosyal, kültürel ve ekonomik değerler dikkate alınmadığı takdirde planlama sonuçlarının pratik değeri çok azdır - ancak bu tür veriler DSS'ye uygun bir biçimde veya uygun bir mekansal çözünürlükte nadiren mevcuttur. GBR'de, DSS çeşitli 'alım yapılamaz' bölge seçeneklerinin bir 'ayak izini' oluşturdu, ancak sekiz bölge türünü karşılayamadı, bu nedenle diğer planlama yöntemlerinin uygulanması gerekiyordu. Ancak asıl fayda, mümkün olan en iyi ava kapalı bölge ağının geliştirilmesini sağlayacak metriklerin üretilebilmesiydi.