يجري التخطيط المتكامل للأراضي الرطبة العابرة للحدود ويهدف إلى وضع خارطة طريق للاستخدام الحكيم للأراضي الرطبة العابرة للحدود من أجل السلامة الإيكولوجية ومرونة سبل العيش في مواجهة المناخ. وتتضمن الخطط المتكاملة للأراضي الرطبة العابرة للحدود قوائم جرد محددة للأراضي الرطبة العابرة للحدود، ورسم خرائط لأصحاب المصلحة، والتحديات الإيكولوجية والاجتماعية والاقتصادية للأراضي الرطبة، والأهداف والتدخلات الاستراتيجية وتخطيط العمل وتقدير التكاليف ووضع خطة تنفيذ لأصحاب المصلحة المتعددين وهيكل الحوكمة عبر الحدود المرتبط بها. بالإضافة إلى ذلك، يتم تسجيل التدخلات ذات الصلة بالتقييم البيئي والبيئة مثل حماية المناطق المشاطئة للمشاطئ، والحفاظ على التربة والمياه في مستجمعات المياه، وحماية مصادر المياه وتخضير المناظر الطبيعية. وتشمل العملية التدريجية 1) وصف ميزات الموقع، 2) تقييم الميزات واختيار الميزات الرئيسية، 3) صياغة أهداف طويلة الأجل لكل ميزة رئيسية، 4) صياغة أهداف تشغيلية قصيرة الأجل لكل ميزة رئيسية. في حالة أراضي سيو-سيتكو الرطبة (كينيا، أوغندا)، ساعد منتدى للنقاش في تحديد القضايا الرئيسية بين أصحاب المصلحة ورؤيتهم. وبالتالي فإن أهداف الإدارة تركز على قيم ومصالح أصحاب المصلحة بدلاً من التركيز على القيم البيئية فقط.
وتشمل الشروط التمكينية هياكل الحوكمة العابرة للحدود، وحسن النية السياسية من البلدان المعنية وتمويل الخطة.
يجب أن ترتكز الخطط المتكاملة للأراضي الرطبة العابرة للحدود على التصور المشترك من قبل البلدان المعنية، وهياكل الحوكمة المشتركة العابرة للحدود لضمان مراجعة الأقران والنجاح من الأطراف المعنية. ويعد التمويل المستدام للخطة أمراً أساسياً كما حدث في خطة سيو-سيتيكو للأراضي الرطبة العابرة للحدود.