Комплексное планирование трансграничных водно-болотных угодий осуществляется в настоящее время и направлено на разработку дорожной карты для разумного использования трансграничных водно-болотных угодий в целях обеспечения экологической целостности и устойчивости к изменению климата для получения средств к существованию. Комплексные планы по трансграничным водно-болотным угодьям включают в себя инвентаризацию конкретных трансграничных водно-болотных угодий, картирование заинтересованных сторон, экологические и социально-экономические проблемы водно-болотных угодий, стратегические цели и мероприятия, планирование действий и расчет затрат, а также разработку плана реализации с участием многих заинтересованных сторон и соответствующей структуры трансграничного управления. Кроме того, учитываются мероприятия, связанные с EbA, такие как защита тугайных зон, сохранение почвы и воды в водосборных бассейнах, защита источников воды и озеленение ландшафта. Пошаговый процесс включает в себя 1) описание особенностей участка, 2) оценку особенностей и выбор ключевых особенностей, 3) формулирование долгосрочных целей для каждой ключевой особенности и 4) формулирование краткосрочных оперативных целей для каждой ключевой особенности. В случае с водно-болотными угодьями Сио-Ситеко (Кения, Уганда) дискуссионный форум помог определить ключевые вопросы заинтересованных сторон и их видение. Таким образом, цели управления сосредоточены на ценностях и интересах заинтересованных сторон, а не исключительно на экологических ценностях.
К благоприятным условиям относятся структуры трансграничного управления, политическая воля участвующих стран и финансирование плана.
Комплексные планы по трансграничным водно-болотным угодьям должны основываться на совместном видении вовлеченных стран, совместных структурах трансграничного управления для обеспечения коллегиальной оценки и успеха вовлеченных сторон. Устойчивое финансирование плана является ключевым фактором, как это было показано в плане трансграничных водно-болотных угодий Сио-Ситеко.