El desarrollo de un fondo permanente para cubrir costos de manejo de las áreas protegidas,   ha permitido a ciertas áreas protegidas estatales, como la Reserva de Producción de Fauna Cuyabeno, contar con fondos anuales para sustentar sus principales actividades operativas. Este fondo se conoce con el nombre de Fondo de Áreas Protegidas (FAP), y corresponde a una iniciativa desarrollada en 1999 entre el Ministerio del Ambiente del Ecuador y el Fondo Ambiental Nacional, con el apoyo de la cooperación internacional, a fin de diversificar las fuentes de financiamiento para áreas naturales protegidas públicas, proporcionando recursos financieros estables en el largo plazo. Como antecedentes a esto, cabe mencionar que el Fondo Ambiental Nacional fue creado por el Estado Ecuatoriano en el año 1996, como “un mecanismo financiero independiente de los planes, programas, proyectos y cualquier actividad tendiente a la protección, conservación y mejoramiento de los recursos naturales y el medio ambiente”. Este fondo, como una organización de derecho privado, capta, administra, asesora técnicamente y canaliza recursos financieros, sin participar directamente en la ejecución de campo.