Les limites de la zone peuvent être décrites comme une distance spécifiée à partir du bord d'un élément géographique (par exemple, "500 m du bord du récif"). Il en résulte normalement une limite de zone de forme irrégulière. La représentation d'un récif ou d'un groupe de récifs de cette manière peut sembler écologiquement appropriée sur une carte, mais l'utilisation du bord de ces caractéristiques pour tracer les limites de la zone s'est avérée très difficile à interpréter sur l'eau. Par exemple, de nombreuses parties de récifs sont fragmentées ou parfois submergées, de sorte qu'il est difficile sur l'eau de déterminer le bord du récif, puis de l'utiliser pour estimer une distance. En outre, il n'est pas facile d'estimer 500 m (ou même 100 m) sur l'eau. Les limites des zones basées sur les coordonnées, basées sur la longitude/latitude et indiquées en degrés et minutes décimales, ont donc été introduites dans le plan de zonage de la GBR de 2003. Elles englobent entièrement les caractéristiques écologiques (c'est-à-dire bien au-delà du bord des récifs/îles entiers). Les limites des zones sont orientées vers le nord, le sud, l'est et l'ouest pour faciliter la navigation ou sont constituées de lignes droites entre deux coordonnées faciles à déterminer. Les lignes droites semblent moins "écologiquement appropriées", mais elles sont plus faciles à localiser et à faire respecter dans les zones offshore, en particulier si l'on utilise des appareils électroniques tels qu'un système de positionnement global (GPS) ou une table traçante.