Los límites de zona pueden describirse a una distancia determinada del borde de un accidente geográfico (por ejemplo, "500 m del borde del arrecife"). El resultado suele ser un límite de zona de forma irregular. Representar un arrecife o un grupo de arrecifes de esta manera puede parecer ecológicamente apropiado en un mapa, pero utilizar el borde de esos accidentes para trazar los límites de la zona ha demostrado ser muy difícil de interpretar en el agua. Por ejemplo, muchas partes de los arrecifes están fragmentadas o a veces sumergidas, por lo que es difícil determinar en el agua el borde del arrecife y utilizarlo para estimar una distancia. Además, no es fácil calcular 500 m (ni siquiera 100 m) sobre el agua. Por ello, en el Plan de Zonificación de la GBR de 2003 se introdujeron límites zonales basados en coordenadas, en longitud/latitud y expresados en grados y minutos decimales. Dichos límites abarcan todas las características ecológicas (es decir, quedan fuera de los límites de los arrecifes y las islas). Los límites de las zonas están orientados al norte, sur, este y oeste para facilitar la navegación o comprenden líneas rectas entre dos coordenadas fáciles de determinar. Las líneas rectas parecen menos "apropiadas desde el punto de vista ecológico", pero son más fáciles de localizar y aplicar en zonas de alta mar, sobre todo si se utilizan dispositivos electrónicos como, por ejemplo, un sistema de posicionamiento global GPS o un plotter.