Границы зон могут быть описаны как определенное расстояние от края географического объекта (например, "500 м от края рифа"). Обычно это приводит к тому, что границы зон имеют неправильную форму. Изображение рифа или группы рифов таким образом может выглядеть экологически целесообразным на карте, но использование краев таких объектов для проведения границ зон оказалось очень сложным для интерпретации на воде. Например, многие части рифа фрагментированы или иногда погружены в воду, поэтому на воде трудно определить край рифа, а затем использовать его для оценки расстояния. Кроме того, нелегко оценить 500 м (или даже 100 м) на воде. Поэтому в 2003 году в План зонирования ГБР были введены границы зон, основанные на координатах долготы/широты и отображаемые в градусах и десятичных минутах. Они полностью охватывают экологические особенности (т.е. выходят за границы целых рифов/островов). Границы зон ориентированы на север, юг, восток и запад для удобства навигации или представляют собой прямые линии между двумя легко определяемыми координатами. Прямые линии выглядят менее "экологичными", но их легче обнаружить и обеспечить соблюдение в морских районах, особенно при использовании электронных устройств, например, системы глобального позиционирования GPS или плоттера.
Опираясь на существующее зонирование, важно, чтобы каждая зона имела уникальный номер, связанный с подробным описанием в установленном законом Плане зонирования (см. Ресурсы), и уникальный идентификатор зоны (например, MNP-11-031): a) MNP означает тип зоны (зона Морского национального парка) b) первые две цифры означают широту (пример, приведенный выше, находится на широте 11°) c) последняя цифра (031) позволяет идентифицировать конкретную зону на картах зонирования и делать перекрестные ссылки на План зонирования.