Batas zona dapat digambarkan sebagai jarak tertentu dari tepi fitur geografis (misalnya, '500 m dari tepi terumbu'). Hal ini biasanya menghasilkan batas zona yang tidak teratur. Menggambarkan terumbu atau sekelompok terumbu dengan cara ini mungkin terlihat sesuai secara ekologis di peta, tetapi menggunakan tepi fitur tersebut untuk menggambar batas zona terbukti sangat sulit untuk ditafsirkan di air. Sebagai contoh, banyak bagian terumbu terfragmentasi atau kadang-kadang terendam, sehingga sulit di air untuk menentukan tepi terumbu, dan kemudian menggunakannya untuk memperkirakan jarak. Selain itu, tidak mudah untuk memperkirakan 500 m (atau bahkan 100 m) di atas air. Oleh karena itu, batas-batas zona berbasis koordinat, berdasarkan garis bujur/lintang dan ditunjukkan dalam derajat dan menit desimal diperkenalkan dalam Rencana Zonasi GBR 2003. Ini sepenuhnya mencakup fitur ekologis (yaitu jauh di luar tepi seluruh terumbu/pulau). Batas-batas zona diorientasikan ke utara, selatan, timur dan barat untuk memudahkan navigasi atau terdiri dari garis lurus antara dua koordinat yang mudah ditentukan. Garis lurus terlihat kurang 'sesuai secara ekologis', tetapi lebih mudah ditemukan dan ditegakkan di daerah lepas pantai, terutama jika menggunakan perangkat elektronik, misalnya sistem pemosisian global GPS atau plotter.
Berdasarkan zonasi yang ada, penting bahwa setiap zona memiliki nomor unik, yang dirujuk ke deskripsi rinci dalam Rencana Zonasi menurut undang-undang (lihat Sumber Daya) dan dengan pengenal zona yang unik (contoh: MNP-11-031): a) MNP merujuk pada jenis zona (Zona Taman Nasional Laut) b) Dua angka pertama merujuk pada garis lintang (contoh yang ditampilkan di atas adalah pada garis lintang 11°) c) Angka terakhir (031) memungkinkan zona tertentu untuk diidentifikasi di peta zonasi dan direferensikan silang ke Rencana Zonasi.